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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o68 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Pseudomonas functional amyloid secretion protein FapF - R157A mutant | |||||||||
要素 | FapF | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / amyloid / secretion / plug / barrel | |||||||||
機能・相同性 | Autotransporter beta-domain superfamily / FapF 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas sp. UK4 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Rouse, S.L. / Hare, S. / Lambert, S. / Morgan, R.M.L. / Hawthorne, W.J. / Berry, J. / Matthews, S.J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: A new class of hybrid secretion system is employed in Pseudomonas amyloid biogenesis. 著者: Rouse, S.L. / Hawthorne, W.J. / Berry, J.L. / Chorev, D.S. / Ionescu, S.A. / Lambert, S. / Stylianou, F. / Ewert, W. / Mackie, U. / Morgan, R.M.L. / Otzen, D. / Herbst, F.A. / Nielsen, P.H. / ...著者: Rouse, S.L. / Hawthorne, W.J. / Berry, J.L. / Chorev, D.S. / Ionescu, S.A. / Lambert, S. / Stylianou, F. / Ewert, W. / Mackie, U. / Morgan, R.M.L. / Otzen, D. / Herbst, F.A. / Nielsen, P.H. / Dueholm, M. / Bayley, H. / Robinson, C.V. / Hare, S. / Matthews, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o68.cif.gz | 592.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o68.ent.gz | 481.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5o68_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5o68_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5o68_validation.xml.gz | 102.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5o68_validation.cif.gz | 140.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o68 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36365.086 Da / 分子数: 12 / 変異: R157A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. UK4 (バクテリア) 遺伝子: fapF, PSUK4_00060 / プラスミド: PRSF1b / 詳細 (発現宿主): OmpA leader sequence / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4IN73 #2: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #3: 化合物 | ChemComp-LDA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0/05 - 0.1 M sodium citrate, 0.1 M sodium chloride, 20-30 % PEG400 PH範囲: 5.5-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.08→91.7 Å / Num. obs: 94515 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 3.35 % / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 3.49 |
反射 シェル | 解像度: 3.08→3.13 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rpim(I) all: 0.5 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 5065 / 解像度: 3.08→91.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 34.4 / SU ML: 0.582 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.567 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.08→91.73 Å
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拘束条件 |
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