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万見
- PDB-5o66: Asymmetric AcrABZ-TolC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o66
タイトルAsymmetric AcrABZ-TolC
要素
  • Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
  • Multidrug efflux pump subunit AcrA
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
  • Outer membrane protein TolC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / multidrug efflux pump / membrane transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...MacAB-TolC complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / fatty acid transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain ...: / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump subunit AcrA / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Du, D. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 日本, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustRG61065 英国
HFSPRG68784 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: An allosteric transport mechanism for the AcrAB-TolC multidrug efflux pump.
著者: Zhao Wang / Guizhen Fan / Corey F Hryc / James N Blaza / Irina I Serysheva / Michael F Schmid / Wah Chiu / Ben F Luisi / Dijun Du /
要旨: Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell ...Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell envelope. Here, we report the near-atomic resolution cryoEM structures of the AcrAB-TolC multidrug efflux pump in resting and drug transport states, revealing a quaternary structural switch that allosterically couples and synchronizes initial ligand binding with channel opening. Within the transport-activated state, the channel remains open even though the pump cycles through three distinct conformations. Collectively, our data provide a dynamic mechanism for the assembly and operation of the AcrAB-TolC pump.
履歴
登録2017年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年6月14日ID: 5V78
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8640
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein TolC
B: Outer membrane protein TolC
C: Outer membrane protein TolC
D: Multidrug efflux pump subunit AcrA
E: Multidrug efflux pump subunit AcrA
F: Multidrug efflux pump subunit AcrA
G: Multidrug efflux pump subunit AcrA
H: Multidrug efflux pump subunit AcrA
I: Multidrug efflux pump subunit AcrA
J: Multidrug efflux pump subunit AcrB
K: Multidrug efflux pump subunit AcrB
L: Multidrug efflux pump subunit AcrB
M: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
N: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
O: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)759,13515
ポリマ－759,13515
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit TolC / Outer membrane factor TolC


分子量: 53783.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌)
遺伝子: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930
#2: タンパク質
Multidrug efflux pump subunit AcrA / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrA / Acriflavine resistance protein A


分子量: 39800.660 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: acrA, Z0578, ECs0516 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE07
#3: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 113665.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#4: タンパク質 Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / AcrAB-TolC multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Acridine resistance protein Z


分子量: 5995.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: acrZ, Z0932, ECs0790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAX1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1AcrABZ-TolCCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2AcrABZ-TolCCOMPLEX#1, #31RECOMBINANT
3AcrABZ-TolCCOMPLEX#2, #41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli K12 (大腸菌)83333
33Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)83334
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26950 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00875398
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.981125159
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.52446447
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0498126
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00512235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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