PDB-5o63: Crystal structure of UbaLAI restriction endonuclease B3 domain do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o63

タイトル

Crystal structure of UbaLAI restriction endonuclease B3 domain domain (mutant L24M L53M L95M) with cognate DNA

要素

DNA (5'-D(*C*G*C*C*A*G*G*G*C*)-3')
DNA (5'-D(*G*C*C*C*T*G*G*C*G*)-3')
Restriction endonuclease UbaLAI

キーワード

HYDROLASE / restriction endonuclease / B3 domain / protein-DNA complex

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Sasnauskas, G. / Siksnys, V.

資金援助

リトアニア, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: UbaLAI is a monomeric Type IIE restriction enzyme.
著者: Sasnauskas, G. / Tamulaitiene, G. / Tamulaitis, G. / Calyseva, J. / Laime, M. / Rimseliene, R. / Lubys, A. / Siksnys, V.

履歴

登録	2017年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o63.cif.gz	200 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o63.ent.gz	155.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o63_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o63_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	5o63_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	5o63_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7ccj-2 1s4v-2 3f0p-1 6ycb-1 1cqd-2 3f0o-2 5efu-d 4edo-2 4iez-d 4ex6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Restriction endonuclease UbaLAI

B: Restriction endonuclease UbaLAI

C: DNA (5'-D(*C*G*C*C*A*G*G*G*C*)-3')

D: DNA (5'-D(*G*C*C*C*T*G*G*C*G*)-3')

E: DNA (5'-D(*C*G*C*C*A*G*G*G*C*)-3')

F: DNA (5'-D(*G*C*C*C*T*G*G*C*G*)-3')

52.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Restriction endonuclease UbaLAI

C: DNA (5'-D(*C*G*C*C*A*G*G*G*C*)-3')

D: DNA (5'-D(*G*C*C*C*T*G*G*C*G*)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Homologous restriction endonuclease EcoRII N-terminal domain makes similar complex with identical DNA duplex (PDB ID 3HQF)
26.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Restriction endonuclease UbaLAI

E: DNA (5'-D(*C*G*C*C*A*G*G*G*C*)-3')

F: DNA (5'-D(*G*C*C*C*T*G*G*C*G*)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.775, 94.583, 123.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Restriction endonuclease UbaLAI 分子量: 20985.578 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal B3 DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Environmental DNA sample / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pBAD24 詳細 (発現宿主): UbaLAI N-terminal domain (residues 1-164), C-terminal His-tag 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH10B / 参照: type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CGCCAGGGC)-3') 分子量: 2732.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GCCCTGGCG)-3') 分子量: 2741.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Crystallization buffer was 0.15 M Na-Citrate (pH 5.6), 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82661 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.82661 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.346→94.583 Å / Num. obs: 63722 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.04 / R_sym value: 0.035 / Net I/av σ(I): 11.1 / Net I/σ(I): 25.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.6-1.69	6.7	0.443	1.8	0.196	0.515	0.443	99.7
1.69-1.79	6.8	0.262	3	0.116	0.305	0.262	99.6
1.79-1.91	6.4	0.16	4.9	0.073	0.188	0.16	99.7
1.91-2.07	6.7	0.093	8.2	0.042	0.109	0.093	99.3
2.07-2.26	6.8	0.061	12	0.027	0.071	0.061	99.7
2.26-2.53	6.3	0.043	16.5	0.02	0.051	0.043	99.7
2.53-2.92	6.9	0.031	21.5	0.014	0.036	0.031	99.9
2.92-3.58	6.5	0.024	20	0.011	0.028	0.024	99.4
3.58-5.06	6.6	0.02	25.8	0.009	0.024	0.02	99.2
5.06-94.583	6	0.021	17.4	0.01	0.024	0.021	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.19	データスケーリング
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.8.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→51.678 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 19.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	12080	10.01 %
R_work	0.1593	-	-
obs	0.1624	63634	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.61 Å² / B_iso mean: 29.4586 Å² / B_iso min: 12.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→51.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2516	726	0	419	3661
B_iso mean	-	-	-	36.82	-
残基数	-	-	-	-	356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	3689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.771	5189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	546
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.595	1423

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2828	396	0.2318	3590	3986	99
1.6182-1.6372	0.2779	396	0.2193	3705	4101	99
1.6372-1.6572	0.2432	413	0.2083	3603	4016	100
1.6572-1.6782	0.2441	383	0.2006	3645	4028	99
1.6782-1.7003	0.2299	388	0.193	3686	4074	100
1.7003-1.7235	0.2083	387	0.1812	3609	3996	99
1.7235-1.7482	0.2279	398	0.1745	3637	4035	99
1.7482-1.7743	0.2197	459	0.1809	3616	4075	99
1.7743-1.802	0.2306	400	0.1839	3571	3971	100
1.802-1.8315	0.1953	397	0.1717	3683	4080	100
1.8315-1.8631	0.2195	391	0.1676	3639	4030	100
1.8631-1.897	0.2058	407	0.1618	3595	4002	99
1.897-1.9335	0.2076	402	0.1604	3536	3938	97
1.9335-1.973	0.2186	351	0.1586	3648	3999	99
1.973-2.0159	0.1751	388	0.1535	3660	4048	100
2.0159-2.0627	0.2229	399	0.1629	3626	4025	100
2.0627-2.1143	0.1917	435	0.1623	3580	4015	99
2.1143-2.1715	0.2068	464	0.1629	3586	4050	100
2.1715-2.2354	0.1869	411	0.1624	3619	4030	100
2.2354-2.3076	0.1977	380	0.1598	3638	4018	100
2.3076-2.39	0.2055	448	0.1651	3620	4068	99
2.39-2.4857	0.2144	371	0.1643	3587	3958	98
2.4857-2.5988	0.2097	426	0.1642	3622	4048	99
2.5988-2.7359	0.1911	430	0.1663	3627	4057	100
2.7359-2.9073	0.1936	372	0.1698	3702	4074	100
2.9073-3.1317	0.2118	387	0.1683	3644	4031	100
3.1317-3.4468	0.1889	406	0.1595	3572	3978	99
3.4468-3.9454	0.1692	408	0.1455	3525	3933	97
3.9454-4.9702	0.1476	366	0.1274	3688	4054	100
4.9702-51.7045	0.1532	421	0.1488	3592	4013	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0386	0.8597	0.0924	1.797	-0.5958	2.5115	-0.038	0.0427	-0.1291	-0.0314	0.0033	-0.088	0.3603	0.0612	-0.0077	0.1709	0.0006	0.0018	0.1501	0.0056	0.1884	-7.3892	-8.919	18.3026
2	0.7446	-0.2242	0.054	2.5043	0.8986	2.1794	0.0818	0.0289	-0.0062	-0.1901	-0.1554	-0.0258	-0.1625	-0.1561	-0.0172	0.129	0.0407	0.0109	0.1806	0.003	0.1477	-8.8516	8.7455	-10.5315
3	0.6888	-0.2329	0.1301	0.7119	0.2557	0.9002	0.0706	0.1585	0.1104	0.2917	-0.1373	-0.1731	-0.2795	0.4333	0.0172	0.3186	-0.1503	-0.058	0.2495	0.0558	0.2153	0.3571	9.7239	18.3101
4	0.389	0.1687	-0.1759	0.2859	0.2318	0.4697	0.0245	0.0195	0.0495	0.1998	-0.0372	0.0246	-0.6508	0.3697	0.0027	0.2857	-0.0601	-0.0296	0.2292	0.0267	0.2023	-2.9303	10.0896	19.529
5	0.6608	0.4739	0.2982	0.8629	0.0329	0.184	0.2546	-0.0569	-0.1582	0.1028	-0.0833	-0.0149	0.642	-0.019	0.0576	0.4154	0.0619	-0.0271	0.2246	0.0189	0.2326	-5.7471	-11.2062	-10.0617
6	0.4195	-0.1904	0.3367	0.3915	0.1738	0.5149	0.2157	0.0339	-0.1472	-0.0497	-0.1808	-0.1045	0.5916	0.0041	-0.0185	0.4178	-0.042	-0.0206	0.2193	0.0073	0.2403	-8.2847	-12.8783	-11.0287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	-4 - 4
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-4 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	-4 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	-4 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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