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万見
- PDB-5o62: The structure of the thermobifida fusca guanidine III riboswitch ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o62
タイトルThe structure of the thermobifida fusca guanidine III riboswitch with 1-Ethylguanidine.
要素RNA (41-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / guanidine III riboswitch / stem-loop (ステムループ) / pseudoknot (シュードノット) / gene regulation (遺伝子発現の調節)
機能・相同性N-ETHYLGUANIDINE / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.119 Å
データ登録者Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKprogram grant A18604 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of the Guanidine III Riboswitch.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Wilson, T.J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2017年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (41-MER)
B: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0334
ポリマ－26,9222
非ポリマー1112
水91951
1
A: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5723
ポリマ－13,4611
非ポリマー1112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA (41-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4611
ポリマ－13,4611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.016, 84.016, 67.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (41-MER)


分子量: 13460.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobifida fusca (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-EGD / N-ETHYLGUANIDINE / 1-エチルグアニジン


分子量: 87.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9N3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Magnesium acetate, 0.05 M MES pH 5.6, 20% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.119→49.46 Å / Num. obs: 29951 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 21.25 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1198 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.119→2.16 Å / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 2.877 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 813 / CC1/2: 0.494 / Rpim(I) all: 0.868 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.119→36.38 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 1510 5.04 %
Rwork0.2079 --
obs0.2102 29951 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.119→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1598 7 51 1656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.732796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.679846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1194-2.18780.40321540.39652441X-RAY DIFFRACTION95
2.1878-2.2660.45141380.38992578X-RAY DIFFRACTION98
2.266-2.35670.44511340.36342558X-RAY DIFFRACTION99
2.3567-2.46390.40991490.34762605X-RAY DIFFRACTION99
2.4639-2.59380.3721650.30922539X-RAY DIFFRACTION99
2.5938-2.75620.35491400.29122615X-RAY DIFFRACTION100
2.7562-2.9690.29421380.25862594X-RAY DIFFRACTION100
2.969-3.26760.21641130.17272654X-RAY DIFFRACTION100
3.2676-3.740.20531040.14542633X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.71040.19591260.15382621X-RAY DIFFRACTION100
4.7104-36.38530.18731490.17752603X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9515-0.8364-1.44331.5958-0.2431.2217-0.05510.1539-0.16270.0517-0.0090.1180.0131-0.01310.08910.3660.0171-0.01070.4121-0.00370.184836.79423.465323.3486
21.1431-1.399-0.18531.76410.19020.0242-0.043-0.1452-0.29580.11640.17820.346-0.2041-0.3722-0.11280.32910.06310.02460.48840.00290.294920.303830.236426.6125
33.0192-0.13040.10891.99780.81910.3934-0.4508-0.0866-0.3269-0.02740.20520.06050.46440.32980.22070.3320.0468-0.00460.33960.03530.167640.746219.585923.4564
46.63431.24873.80951.0162-0.03252.8796-0.51480.38311.9214-0.280.145-0.99420.00990.53730.32370.44470.04960.19221.33640.00491.505138.404754.013923.853
51.0971-0.09230.46612.52721.9684.3362-0.33960.13470.8501-0.675-0.1488-1.3094-0.3381.3768-0.35620.1585-0.09790.16910.93740.22290.790829.415852.242623.0402
60.53430.5520.2450.74660.27051.0033-0.21781.38061.4259-0.32290.3597-1.47730.2740.2226-0.18570.36370.02450.20491.01040.23031.362736.508451.329321.6301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 41 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 10 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 11 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 41 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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