PDB-5o5l: X-ray structure of a bacterial adenylyl cyclase soluble domain, s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o5l

タイトル

X-ray structure of a bacterial adenylyl cyclase soluble domain, solved at cryogenic temperature

要素

Adenylate cyclase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / membrane-integral adenylyl cyclase / helical domain / catalytic domain / MANT-GTP

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium intracellulare 1956 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Vercellino, I. / Korkhov, V.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Role of the nucleotidyl cyclase helical domain in catalytically active dimer formation.
著者: Vercellino, I. / Rezabkova, L. / Olieric, V. / Polyhach, Y. / Weinert, T. / Kammerer, R.A. / Jeschke, G. / Korkhov, V.M.

履歴

登録	2017年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o5l.cif.gz	1022.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o5l.ent.gz	862.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o5l_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o5l_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	5o5l_validation.xml.gz	89.5 KB	表示
CIF形式データ	5o5l_validation.cif.gz	118.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o5kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xut-1 2h47-3 2xut-2 2xut-3 4oym-d 4oyw-d 1m7w-1 6jy1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (8) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (7) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (8) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylate cyclase

B: Adenylate cyclase

C: Adenylate cyclase

D: Adenylate cyclase

E: Adenylate cyclase

F: Adenylate cyclase

G: Adenylate cyclase

H: Adenylate cyclase

I: Adenylate cyclase

J: Adenylate cyclase

K: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

319 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylate cyclase

B: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, EPR Spectroscopy confirms dimerization of the soluble domain in the presence of a substrate analogue, equilibrium centrifugation, AUC confirms ligand-dependent ...根拠: assay for oligomerization, EPR Spectroscopy confirms dimerization of the soluble domain in the presence of a substrate analogue, equilibrium centrifugation, AUC confirms ligand-dependent dimerization of the soluble domain
58.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Adenylate cyclase

D: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Adenylate cyclase

F: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Adenylate cyclase

H: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Adenylate cyclase

J: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.480, 84.120, 310.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Adenylate cyclase 分子量: 28225.025 Da / 分子数: 11 / 断片: Soluble domain, UNP residues 203-429 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium intracellulare 1956 (バクテリア) 遺伝子: cya, I550_3099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X8CHM4, adenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-ONM / 3'-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-O-(N-メチルアントラニロイル)GTP 分子量: 656.328 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃N₆O₁₅P₃
#3: 化合物	... ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 0.2 M LiSO4, 8-10% PEG 1000, 8-10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.89 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.38 Å / Num. obs: 98383 / % possible obs: 98.51 % / 冗長度: 44.3 % / B_iso Wilson estimate: 93.95 Å² / Net I/σ(I): 22.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.7→49.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.668 / SU R_free Blow DPI: 0.34 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.35

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	4920	5 %	RANDOM
R_work	0.265	-	-	-
obs	0.267	98383	98.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 135.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8876 Å²	0 Å²	-6.8956 Å²
2-	-	-4.611 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2766 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.5 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→49.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19050	0	514	217	19781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	19910	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	26981	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7074	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		450	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3168	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		19910	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		19	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.75
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2474	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		21963	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	347	5.01 %
R_work	0.245	6575	-
all	0.247	6922	-
obs	-	-	94.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3826	0.0266	-0.2385	2.9275	0.6719	3.9187	0.049	0.3208	-0.0092	-0.3252	-0.1712	-0.3515	-0.3731	-0.1776	0.1223	-0.09	0.026	-0.0113	-0.3665	-0.0608	-0.1033	22.2087	-10.8905	-1.4314
2	1.0674	-0.2612	-0.2246	2.9507	0.1008	2.7834	-0.0791	-0.1239	-0.2997	0.3603	-0.1976	-0.2078	0.326	-0.2367	0.2767	0.0036	-0.067	-0.0591	-0.3747	-0.0295	-0.0082	20.154	-23.0211	16.3179
3	2.2807	0.0782	0.0936	4.6396	-0.2077	2.2377	0.4986	-0.2166	0.2515	-0.1347	-0.4263	0.6773	0.0264	-0.4378	-0.0723	0.0229	-0.0918	-0.011	-0.3918	-0.0647	-0.1348	16.9317	18.3251	32.5362
4	3.5548	0.5432	-0.1293	3.2854	0.6503	4.59	0.5834	-1.0912	-0.1712	0.5101	-0.4447	-0.4682	0.256	0.5574	-0.1387	-0.0413	-0.2596	-0.1298	-0.3188	0.1184	-0.4079	31.0498	9.3989	46.3801
5	13.3463	5.9579	1.1686	6.0676	0.1529	4.044	0.4966	-0.8951	-0.3525	0.6388	-0.5645	0.7142	0.0558	0.0065	0.0679	-0.3054	-0.309	0.1747	-0.4392	-0.0165	-0.4719	-8.3489	-1.8275	65.8012
6	1.4483	3.0034	2.9318	4.8191	1.7349	2.671	0.1371	-0.9915	0.5404	0.7885	-0.3945	0.4251	0.2905	-0.5253	0.2574	-0.1362	-0.2896	0.2671	0.2159	-0.095	-0.4998	1.6283	10.2529	80.9852
7	2.5206	-0.4696	-0.6695	4.1102	0.706	2.3964	0.1267	0.0729	-0.6355	-0.3144	-0.0441	-0.434	-0.1595	0.3316	-0.0826	-0.3743	-0.3058	0.1654	-0.5029	-0.0294	0.1471	20.8081	-30.6731	88.3823
8	8.6224	6.2586	-1.9763	6.5842	-2.7449	5.2612	0.0548	-0.5195	-0.2311	-0.0645	0.0996	-0.2406	-0.2792	0.1068	-0.1544	-0.5878	-0.368	-0.1061	-0.1583	0.2222	-0.0777	12.697	-26.1136	108.3397
9	12.4638	4.0675	-4.9946	4.4991	-2.0529	7.0111	-0.3096	-0.6189	0.1969	-0.3662	0.695	-0.2148	-0.0593	-0.8419	-0.3854	-0.6377	-0.2983	0.0562	-0.0825	-0.0598	-0.2776	49.8231	-3.0404	109.8802
10	3.7235	-2.1995	0.0563	3.0155	-1.9554	4.5413	0.0071	-0.2111	-0.4311	0.4361	-0.1972	-0.5252	0.2342	-0.5624	0.1901	-0.6035	-0.302	0.082	0.1311	0.1678	-0.0591	52.1109	-14.9856	128.2773
11	1.071	-0.917	1.6192	0.3531	-2.0287	2.8845	0.0252	-0.3011	0.4379	0.2546	-0.0951	0.4381	-0.1052	0.5914	0.0698	-0.5331	-0.2224	0.2383	0.6079	-0.2635	-0.2466	25.425	18.6115	142.7965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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