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- PDB-5o4i: Crystal Structure of mutant M54L/M64L/M96L of Two-Domain Laccase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o4i
タイトルCrystal Structure of mutant M54L/M64L/M96L of Two-Domain Laccase from Streptomyces griseoflavus dialyzed against solution containing 0.25 mM copper sulfate
要素Two-domain laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Two-Domain Laccase / laccase / Streptomyces griseoflavus
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / iron ion transport / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Two-domain laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Tishchenko, T.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RFBR15-04-03002 ロシア
引用ジャーナル: Mol.Biol.(Moscow) / 年: 2018
タイトル: Incorporation of Copper Ions into T2/T3 Centers of Two-Domain Laccases.
著者: Gabdulkhakov, A.G. / Kostareva, O.S. / Kolyadenko, I.A. / Mikhaylina, A.O. / Trubitsina, L.I. / Tishchenko, S.V.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-domain laccase
B: Two-domain laccase
C: Two-domain laccase
D: Two-domain laccase
E: Two-domain laccase
F: Two-domain laccase
G: Two-domain laccase
H: Two-domain laccase
I: Two-domain laccase
J: Two-domain laccase
K: Two-domain laccase
L: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)423,00295
ポリマ－416,37012
非ポリマー6,63283
水16,646924
1
A: Two-domain laccase
B: Two-domain laccase
C: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,68123
ポリマ－104,0933
非ポリマー1,58920
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
2
D: Two-domain laccase
E: Two-domain laccase
F: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,05027
ポリマ－104,0933
非ポリマー1,95724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14580 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
3
G: Two-domain laccase
H: Two-domain laccase
I: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,68123
ポリマ－104,0933
非ポリマー1,58920
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
4
J: Two-domain laccase
K: Two-domain laccase
L: Two-domain laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,58922
ポリマ－104,0933
非ポリマー1,49719
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14370 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.933, 94.931, 116.587
Angle α, β, γ (deg.)90.08, 90.20, 91.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Two-domain laccase


分子量: 34697.523 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutations M54L, M64L, M96L
由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4FJ81, laccase
#2: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 924 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 23% PEG 4000, 0.05M Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9687 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9687 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 283032 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.07 % / Net I/σ(I): 6.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O3K

5o3k


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.81 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 13997 4.9 %RANDOM
Rwork0.17741 ---
obs0.17958 269038 92.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å2-0.45 Å2-0.11 Å2
2--0.2 Å2-0.18 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25585 0 314 924 26823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01926759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0224276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.92736323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.859355843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07253367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12223.2111277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12153885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.115180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.23779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02130900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1432.60113435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1422.60113434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.953.88816801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.953.88816802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4952.78313324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4892.77813308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5874.07819495
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.88320.7729878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.88320.77129879
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 1091 -
Rwork0.309 19809 -
obs--92.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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