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- PDB-5o4d: G-quadruplex of Human papillomavirus type 52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o4d
タイトルG-quadruplex of Human papillomavirus type 52
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / HPV52
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human papillomavirus type 52 (パピローマウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Marusic, M. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-6733 スロベニア
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Towards Understanding of Polymorphism of the G-rich Region of Human Papillomavirus Type 52.
著者: Marusic, M. / Plavec, J.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2771
ポリマ－7,2771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, structure runs as a monomer on native PAGE gel
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3990 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with lowest energy and least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 7276.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human papillomavirus type 52 (パピローマウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
132isotropic12D 1H-1H TOCSY
142isotropic12D DQF-COSY
152isotropic22D HP COSY
163isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.2 mM DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2ODNA was dissolved in solvent. Potassium phosphate and potassium chloride were added in steps to the final concentration.H2O sample90% H2O/10% D2O
solution21.2 mM DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 100% D2OH2O was exchanged to D2O in several steps of repeated lyophilization and dissolution in D2O.D2O sample100% D2O
solution30.9 mM 15N site-specifically labelled at 5% DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 100% D2ODNA was dissolved in H2O. Potassium phosphate and potassium chloride were added in steps to the final concentration. H2O was exchanged to D2O in several steps of repeated lyophilization and dissolution in D2O.15N sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMDNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')natural abundance1
10 mMpotassium phosphatenatural abundance1
40 mMpotassium chloridenatural abundance1
1.2 mMDNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')natural abundance2
10 mMpotassium phosphatenatural abundance2
40 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.9 mMDNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')15N site-specifically labelled at 5%3
10 mMpotassium phosphatenatural abundance3
40 mMpotassium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 1 / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS8001
Varian DD2VarianDD26002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ3Agilentcollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
Sparky3.115Goddardデータ解析
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy and least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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