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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o34 | ||||||
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タイトル | ThnE from S.clavuligerus | ||||||
![]() | Enoyl-CoA hydratase carB homologue | ||||||
![]() | LYASE / Antibiotics / thienamycin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Valegard, K. / Andersson, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of ThnE from the thienamycin biosynthesis. 著者: Valegard, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2a7kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32332.582 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citric acid pH 5.5, 1.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→44.02 Å / Num. obs: 71350 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 65.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.36 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.034 / Num. unique obs: 5065 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2A7K 解像度: 2.45→44.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 64.58 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.45→44.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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