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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o2o | |||||||||
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タイトル | Lytic transglycosylase in action | |||||||||
要素 | Transglycosylase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / lytic transglycosylases / acid/base catalysis / peptidoglycan / bacteria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalytic activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Williams, A.H. / Hoauz, A. / Boneca, I.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Lytic transglycosylase in action 著者: Williams, A.H. / Wheeler, R. / Rateau, L. / Malosse, C. / Rooke, J.C. / Hoauz, A. / Taha, M.-K. / Boneca, I.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o2o.cif.gz | 150.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o2o.ent.gz | 112.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5o2o_validation.pdf.gz | 838.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5o2o_full_validation.pdf.gz | 845.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5o2o_validation.xml.gz | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5o2o_validation.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o2o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4yim S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67824.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: slt, ERS514729_01258 / プラスミド: PGEX4T1 / 詳細 (発現宿主): GST TAG / 発現宿主: Escherichia coli BL21 / Variant (発現宿主): GOLD 参照: UniProt: A0A0Y5YPU4, UniProt: Q9JXP1*PLUS, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する | ||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 % / 解説: Rod Shape |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 100 mM CHES pH 9.5, 100 mM tri sodium citrate, 30% PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→49.15 Å / Num. obs: 110458 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.3 % / Net I/av σ(I): 14.41 / Net I/σ(I): 0.185 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YIM 4yim 解像度: 1.43→49.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.912 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.892 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.43→49.15 Å
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拘束条件 |
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