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万見
- PDB-5o1u: Structure of wildtype T.maritima PDE (TM1595) with AMP and Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o1u
タイトルStructure of wildtype T.maritima PDE (TM1595) with AMP and Mn2+
要素Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Witte, G. / Drexler, D. / Mueller, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation3717/3-1 ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural and Biophysical Analysis of the Soluble DHH/DHHA1-Type Phosphodiesterase TM1595 from Thermotoga maritima.
著者: Drexler, D.J. / Muller, M. / Rojas-Cordova, C.A. / Bandera, A.M. / Witte, G.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,86812
ポリマ－75,7422
非ポリマー1,12610
水9,026501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, measured SAXS data are consistent with the theoretical scattering data of the biological assembly present in the ASU, light scattering, dimeric, monodisoperse
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.310, 106.790, 134.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphodiesterase


分子量: 37870.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
遺伝子: TM_1595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1T1

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非ポリマー , 5種, 511分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES/NaOH 25% (w/v) PEG4000 0.2M CaCl2 1mM MnCl2 1mM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 115147 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 14.35
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rrim(I) all: 0.855

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.113 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 5693 4.94 %
Rwork0.1636 --
obs0.1656 115140 95.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5100 0 57 501 5658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8217187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6034369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055789
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.31361880.31833484X-RAY DIFFRACTION91
1.9216-1.94420.34041860.29313545X-RAY DIFFRACTION93
1.9442-1.96790.33181830.29453528X-RAY DIFFRACTION92
1.9679-1.99280.2951680.26533578X-RAY DIFFRACTION93
1.9928-2.0190.31131440.25723631X-RAY DIFFRACTION93
2.019-2.04670.27331830.24143577X-RAY DIFFRACTION93
2.0467-2.07590.24032100.22593498X-RAY DIFFRACTION93
2.0759-2.10690.24821980.21433531X-RAY DIFFRACTION92
2.1069-2.13980.24981860.20553599X-RAY DIFFRACTION93
2.1398-2.17490.27121880.19873618X-RAY DIFFRACTION95
2.1749-2.21240.24141930.19393566X-RAY DIFFRACTION92
2.2124-2.25270.20841930.18023650X-RAY DIFFRACTION96
2.2527-2.2960.251900.18173638X-RAY DIFFRACTION94
2.296-2.34280.26721710.18583624X-RAY DIFFRACTION95
2.3428-2.39380.23782030.17633654X-RAY DIFFRACTION95
2.3938-2.44950.18881780.16653613X-RAY DIFFRACTION95
2.4495-2.51070.22682120.16083669X-RAY DIFFRACTION95
2.5107-2.57860.21042000.16613640X-RAY DIFFRACTION96
2.5786-2.65450.20251960.15983711X-RAY DIFFRACTION96
2.6545-2.74020.19911810.1543699X-RAY DIFFRACTION96
2.7402-2.83810.15951840.14043713X-RAY DIFFRACTION97
2.8381-2.95170.19331960.14753679X-RAY DIFFRACTION96
2.9517-3.0860.2181930.15363674X-RAY DIFFRACTION95
3.086-3.24870.18662170.14583706X-RAY DIFFRACTION97
3.2487-3.45220.20591900.14383765X-RAY DIFFRACTION98
3.4522-3.71860.17131910.14273763X-RAY DIFFRACTION98
3.7186-4.09270.18132000.13083776X-RAY DIFFRACTION99
4.0927-4.68450.14131990.11293773X-RAY DIFFRACTION98
4.6845-5.90040.15371730.13993824X-RAY DIFFRACTION99
5.9004-49.12990.2051990.17473721X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3537-0.0435-0.63221.1001-0.04391.50220.0813-0.24410.41810.0352-0.06250.0031-0.1856-0.0382-0.00560.19980.01380.00320.1896-0.08530.269237.288658.824291.5034
21.8206-0.3391-0.50470.99360.47971.7971-0.077-0.18840.06930.06330.0175-0.02090.02330.09470.02120.16130.01540.00460.1622-0.03680.171342.318649.105190.3559
32.4985-0.19920.63540.01440.02471.3535-0.1138-0.16280.43490.08590.0621-0.0813-0.14180.0606-0.050.25880.007-0.03820.1907-0.08710.27864.140555.994585.3991
42.09660.1888-0.03442.29980.4991.4807-0.00890.2026-0.1328-0.2159-0.00120.09470.09830.0783-0.00520.21410.023-0.00930.2603-0.05050.18653.799228.067554.812
51.4616-0.1176-0.00371.66660.54881.95070.03150.3914-0.0771-0.28070.0413-0.11190.01760.3582-0.04120.2180.0150.00920.317-0.05580.19960.535331.351853.1647
61.1103-0.18990.0371.93370.43131.45620.03310.1567-0.0155-0.1573-0.03360.1099-0.0018-0.06410.02330.15860.0021-0.00640.2103-0.02550.160746.842435.298460.2021
71.4685-0.07330.20781.8401-0.13961.37280.0820.23630.3067-0.0948-0.1481-0.3825-0.24310.4187-0.00050.2401-0.03370.02360.37110.02530.262765.237154.07164.294
81.6284-0.38080.09781.91440.22011.11440.09040.41120.1642-0.3482-0.1513-0.1883-0.19690.2349-0.02230.29580.00620.04150.43140.10440.259562.204354.700858.4501
91.57570.2026-0.08822.69330.48092.67850.05210.61190.2529-0.4974-0.0814-0.0746-0.3553-0.03050.00510.44470.05750.01720.51270.13910.259153.218558.559149.1481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 317 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 53 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 54 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 176 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 177 through 228 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 229 through 268 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 269 through 319 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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