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- PDB-5o01: Crystal structure of BtubC (BKLC) from P. vanneervenii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o01
タイトルCrystal structure of BtubC (BKLC) from P. vanneervenii
要素BKLC (bacterial kinesin-light chain-like)
キーワードMOTOR PROTEIN / bacterial cytoskeleton / mini microtubules
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / MalT-like TPR region / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial kinesin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lowe, J. / Deng, X.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Four-stranded mini microtubules formed by BtubAB show dynamic instability.
著者: Xian Deng / Gero Fink / Tanmay A M Bharat / Shaoda He / Danguole Kureisaite-Ciziene / Jan Löwe /
要旨: Microtubules, the dynamic, yet stiff hollow tubes built from αβ-tubulin protein heterodimers, are thought to be present only in eukaryotic cells. Here, we report a 3.6-Å helical reconstruction ...Microtubules, the dynamic, yet stiff hollow tubes built from αβ-tubulin protein heterodimers, are thought to be present only in eukaryotic cells. Here, we report a 3.6-Å helical reconstruction electron cryomicroscopy structure of four-stranded mini microtubules formed by bacterial tubulin-like BtubAB proteins. Despite their much smaller diameter, mini microtubules share many key structural features with eukaryotic microtubules, such as an M-loop, alternating subunits, and a seam that breaks overall helical symmetry. Using in vitro total internal reflection fluorescence microscopy, we show that bacterial mini microtubules treadmill and display dynamic instability, another hallmark of eukaryotic microtubules. The third protein in the gene cluster, BtubC, previously known as "bacterial kinesin light chain," binds along protofilaments every 8 nm, inhibits BtubAB mini microtubule catastrophe, and increases rescue. Our work reveals that some bacteria contain regulated and dynamic cytomotive microtubule systems that were once thought to be only useful in much larger and sophisticated eukaryotic cells.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年10月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BKLC (bacterial kinesin-light chain-like)
B: BKLC (bacterial kinesin-light chain-like)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4402
ポリマ－58,4402
非ポリマー00
水1,65792
1
A: BKLC (bacterial kinesin-light chain-like)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2201
ポリマ－29,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BKLC (bacterial kinesin-light chain-like)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2201
ポリマ－29,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.734, 119.734, 239.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 255 / Label seq-ID: 2 - 255

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 BKLC (bacterial kinesin-light chain-like)


分子量: 29220.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)
遺伝子: bklc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8Y5U5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 50 mM CHES/NaOH, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 21275 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.997 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.269
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23665 1164 5.2 %RANDOM
Rwork0.18607 ---
obs0.18863 21275 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4063 0 0 92 4155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7161.965551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.635506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90923.182220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.0615747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1951548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3914.7862030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5837.1682534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0685.2682097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.37188.72717265
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16042 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 89 -
Rwork0.288 1487 -
obs--93.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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