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- PDB-5nzz: Crystal structure of phosphorylated p38aMAPK in complex with TAB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nzz
タイトルCrystal structure of phosphorylated p38aMAPK in complex with TAB1
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 14
  • TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードTRANSFERASE / MAPK activated phosphorylated P38 regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cardiac septum development / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway ...positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cardiac septum development / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / coronary vasculature development / VEGFA-VEGFR2 Pathway / aorta development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / D-glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / striated muscle cell differentiation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Neutrophil degranulation / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / DNA damage checkpoint signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / lung development / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / placenta development / cellular response to virus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / spindle pole / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of protein import into nucleus / Interleukin-1 signaling / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / protein kinase activity
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like ...PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / 4-Layer Sandwich / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / NICKEL (II) ION / Mitogen-activated protein kinase 14 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nichols, C.E. / De Nicola, G.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
BHFBHF - FS/14/29/30896 - DE NICOLA 英国
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2018
タイトル: The TAB1-p38 alpha complex aggravates myocardial injury and can be targeted by small molecules.
著者: De Nicola, G.F. / Bassi, R. / Nichols, C. / Fernandez-Caggiano, M. / Golforoush, P.A. / Thapa, D. / Anderson, R. / Martin, E.D. / Verma, S. / Kleinjung, J. / Laing, A. / Hutchinson, J.P. / ...著者: De Nicola, G.F. / Bassi, R. / Nichols, C. / Fernandez-Caggiano, M. / Golforoush, P.A. / Thapa, D. / Anderson, R. / Martin, E.D. / Verma, S. / Kleinjung, J. / Laing, A. / Hutchinson, J.P. / Eaton, P. / Clark, J. / Marber, M.S.
履歴
登録2017年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
B: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
C: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
D: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
E: Mitogen-activated protein kinase 14
F: Mitogen-activated protein kinase 14
G: Mitogen-activated protein kinase 14
H: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,38324
ポリマ－384,7928
非ポリマー2,59116
水75742
1
A: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
H: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8296
ポリマ－96,1982
非ポリマー6314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
E: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8636
ポリマ－96,1982
非ポリマー6654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
F: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8636
ポリマ－96,1982
非ポリマー6654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
G: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8296
ポリマ－96,1982
非ポリマー6314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.879, 107.632, 144.204
Angle α, β, γ (deg.)89.26, 76.75, 84.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 54699.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAB1, MAP3K7IP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15750
#2: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41498.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 58分子

#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1M magensium chloride, 0.1M magnesium sulphate, 0.1M Tris pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→140.36 Å / Num. obs: 109491 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 51.1 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5166 / CC1/2: 0.413 / Rpim(I) all: 0.637 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→140.359 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.24 / 位相誤差: 27.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2707 5455 5.01 %Random selection
Rwork0.2187 ---
obs0.2213 108839 90.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→140.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21835 0 136 42 22013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22630635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0117990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083973

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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