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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nz5 | ||||||
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タイトル | A C145S mutant of Nesterenkonia AN1 amidase from the nitrilase superfamily | ||||||
要素 | Amidaseアミダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / active site (活性部位) / amidase (アミダーゼ) / cysteine 145 / serine 145 / nitrilase superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アミダーゼ / indoleacetamide hydrolase activity / organonitrogen compound metabolic process / amidase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å | ||||||
データ登録者 | Kimani, S.W. / Sewell, B.T. | ||||||
資金援助 | 南アフリカ, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Substrate recognition by an amidase of the nitrilase superfamily 著者: Kimani, S.W. / Venter, G.A. / Sewell, B.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nz5.cif.gz | 69.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nz5.ent.gz | 49.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/5nz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/5nz5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30084.686 Da / 分子数: 1 / 変異: C145S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア) 遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWZ1, アミダーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % / Mosaicity: 1.14 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate trihydtrate, 30% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.47→23.646 Å / Num. all: 48675 / Num. obs: 48675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 337984 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HKX 解像度: 1.47→22.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1595 / WRfactor Rwork: 0.1384 / FOM work R set: 0.9083 / SU B: 0.81 / SU ML: 0.031 / SU R Cruickshank DPI: 0.0514 / SU Rfree: 0.0536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.18 Å2 / Biso mean: 14.22 Å2 / Biso min: 5.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.47→22.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.47→1.508 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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