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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nyy | ||||||
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タイトル | Formylglycine generating enzyme from T. curvata in complex with Cd(II) | ||||||
![]() | Non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / formylglycine generating enzyme / sulfatase modification / metal-binding / cadmium complex / copper enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / cuprous ion binding / post-translational protein modification 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meury, M. / Knop, M. / Seebeck, F.P. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Copper-Oxygen Mediated C-H Bond Activation by the Formylglycine-Generating Enzyme. 著者: Meury, M. / Knop, M. / Seebeck, F.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33082.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In the crystal structure, the his-tag and loop region from V90 to V102 (original uniprot numbering) is disordered. Thus these residues were not modeled. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Tcur_4811 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: D1A7C3, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 6種, 378分子 ![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CD / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD, sodium acetate, calcium chloride / PH範囲: 5.2 - 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.28→50.01 Å / Num. obs: 71599 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 10.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 919799 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5NXL 解像度: 1.28→40.214 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 15.3218 Å2 / Biso min: 6.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.28→40.214 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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