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- PDB-5nyy: Formylglycine generating enzyme from T. curvata in complex with Cd(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nyy
タイトルFormylglycine generating enzyme from T. curvata in complex with Cd(II)
要素Non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードTRANSFERASE / formylglycine generating enzyme / sulfatase modification / metal-binding / cadmium complex / copper enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / cuprous ion binding / post-translational protein modification
類似検索 - 分子機能
paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Formylglycine-generating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata DSM 43183 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Meury, M. / Knop, M. / Seebeck, F.P.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council336559
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Copper-Oxygen Mediated C-H Bond Activation by the Formylglycine-Generating Enzyme.
著者: Meury, M. / Knop, M. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6898
ポリマ－33,0821
非ポリマー6067
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Crystal structures of human and S. coelicolor FGE demonstrate that the minimal functional unit of FGE is monomeric.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.314, 67.648, 100.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 33082.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: In the crystal structure, the his-tag and loop region from V90 to V102 (original uniprot numbering) is disordered. Thus these residues were not modeled.
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata DSM 43183 (バクテリア)
遺伝子: Tcur_4811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D1A7C3, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD, sodium acetate, calcium chloride / PH範囲: 5.2 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50.01 Å / Num. obs: 71599 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 10.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 919799 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.28-1.312.50.7460.8650.2150.77890.4
7.01-50.0111.90.02410.0070.02599.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.37 Å40.21 Å
Translation6.37 Å40.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NXL

5nxl


解像度: 1.28→40.214 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1672 3507 4.9 %
Rwork0.1541 --
obs0.1548 71525 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.43 Å2 / Biso mean: 15.3218 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.28→40.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2197 0 31 371 2599
Biso mean--39.75 27.58 -
残基数----279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9053258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.554818
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.28-1.29750.22341260.20722482260890
1.2975-1.31610.22811340.20512494262892
1.3161-1.33570.20971310.1952565269693
1.3357-1.35660.21031280.18592539266793
1.3566-1.37880.21331340.17582594272894
1.3788-1.40260.20171480.16972614276296
1.4026-1.42810.1751440.1672657280197
1.4281-1.45560.17611240.16542689281398
1.4556-1.48530.16051390.15682720285998
1.4853-1.51760.16561430.15422713285699
1.5176-1.55290.1661340.14732734286899
1.5529-1.59170.18351480.14772775292399
1.5917-1.63480.16251240.14827332857100
1.6348-1.68290.17451300.144327722902100
1.6829-1.73720.14081390.14527412880100
1.7372-1.79930.14781510.149227882939100
1.7993-1.87130.16241420.146927662908100
1.8713-1.95650.15511470.153127632910100
1.9565-2.05960.18731160.146228302946100
2.0596-2.18870.15411380.150527872925100
2.1887-2.35770.17091530.15227902943100
2.3577-2.59490.17561610.15827912952100
2.5949-2.97030.17441550.156328302985100
2.9703-3.74180.13671560.143428643020100
3.7418-40.23430.17091620.153129873149100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1808-0.5942-0.05842.5269-0.18191.27620.07020.09840.0094-0.1341-0.06830.0605-0.0051-0.0276-0.00170.0519-0.0075-0.00870.09690.00090.0678.7627-4.3148-36.1292
21.33510.00130.11031.79020.68231.2991-0.0841-0.11590.0621-0.00840.06130.0533-0.10860.04380.02650.0752-0.0066-0.0180.08840.01320.052410.6294-2.0949-11.4077
30.95110.07460.36270.51110.14391.03330.0014-0.04980.02860.0468-0.02360.01280.0138-0.04360.02260.0524-0.00370.00440.0415-0.00160.05687.8856-4.8124-20.2016
41.6460.55790.49381.0111-0.8721.5525-0.02630.0925-0.06520.0468-0.0790.34150.1081-0.15690.03140.027-0.00910.00550.0716-0.0150.1085-9.833-2.008-20.4269
50.5691-0.0105-0.0580.36230.03540.77710.02080.03440.0668-0.0153-0.01050.035-0.08110.0187-0.01740.0802-0.0087-0.00130.07150.00210.08877.31010.2278-26.1619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -7 through 57 )A-7 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 108 )A58 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 180 )A109 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 198 )A181 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 302 )A199 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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