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- PDB-5nyo: Crystal structure of an atypical poplar thioredoxin-like2.1 varia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nyo
タイトルCrystal structure of an atypical poplar thioredoxin-like2.1 variant in dimeric form
要素Thioredoxin-like protein 2.1
キーワードOXIDOREDUCTASE / atypical thioredoxin / disulfide exchange / oxidoredutase
機能・相同性Thioredoxin-like 3-1/3-2 / Thioredoxin / chloroplast stroma / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin-like protein 2.1
機能・相同性情報
生物種Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chibani, K. / Saul, F.A. / Haouz, A. / Rouhier, N.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
INRA-FORMAS program フランス
Institut Pasteur フランス
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural snapshots along the reaction mechanism of the atypical poplar thioredoxin-like2.1.
著者: Chibani, K. / Saul, F. / Didierjean, C. / Rouhier, N. / Haouz, A.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-like protein 2.1
B: Thioredoxin-like protein 2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5094
ポリマ－28,3172
非ポリマー1922
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: covalently linked dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.547, 62.547, 138.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-like protein 2.1


分子量: 14158.645 Da / 分子数: 2 / 変異: C45S Engineered mutation / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
プラスミド: pET3d / 詳細 (発現宿主): T7 expression system / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I0BZV0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium formate, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.4 Å / Num. obs: 13773 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 62.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 1.078 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1242 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.552 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wild-type Thioredoxin-like protein 2.1

解像度: 2.25→46.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9518 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9108 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.312 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.232
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 700 5.1 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2098 13714 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4184 Å20 Å20 Å2
2--4.4184 Å20 Å2
3----8.8368 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.318 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 10 98 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.122693HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d718SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes273HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1992HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion261SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2329SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.43 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 147 5.35 %
Rwork0.2534 2601 -
all0.2538 2748 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00011.0004-0.33684.7519-0.60782.17470.0132-0.0004-0.2873-0.1669-0.1885-0.29690.069-0.03540.1752-0.14680.0417-0.0163-0.0210.0128-0.037-15.3793-0.0718-13.8717
23.82680.369-0.46693.2182-1.02786.31890.0823-0.3131-0.00540.0302-0.06-0.0284-0.1050.3872-0.0223-0.1204-0.0478-0.0344-0.05130.038-0.1193-34.501312.41279.5434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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