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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nyc | ||||||
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タイトル | A C145A mutant of Nesterenkonia AN1 amidase bound to propionitrile | ||||||
要素 | Amidaseアミダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / active site (活性部位) / amidase (アミダーゼ) / nitrile (ニトリル) / propionitrile (プロパンニトリル) / cysteine 145 / alanine 145 / nitrilase superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アミダーゼ / indoleacetamide hydrolase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / amidase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Kimani, S.W. / Sewell, B.T. | ||||||
資金援助 | 南アフリカ, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Substrate recognition by an amidase of the nitrilase superfamily 著者: Kimani, S.W. / Venter, G.A. / Sewell, B.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nyc.cif.gz | 71.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nyc.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nyc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5nyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5nyc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30068.686 Da / 分子数: 1 / 変異: C145A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア) 遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VWZ1, アミダーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 % / Mosaicity: 0.52 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium, 2% PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.51→28.43 Å / Num. all: 44728 / Num. obs: 44728 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 331475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HKX 解像度: 1.51→28.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1651 / WRfactor Rwork: 0.138 / FOM work R set: 0.8976 / SU B: 0.97 / SU ML: 0.036 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / SU Rfree: 0.0602 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.32 Å2 / Biso mean: 15.138 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.51→28.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.51→1.549 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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