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- PDB-5nxt: Wobble base paired RNA double helix -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nxt
タイトルWobble base paired RNA double helix
要素RNA (5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*A)-3')
キーワードRNA / Double helix / Wobble pairs / N1-adenine protonation
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.379 Å
データ登録者Garg, A. / Heinemann, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: A novel form of RNA double helix based on G·U and C·A+ wobble base pairing.
著者: Garg, A. / Heinemann, U.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.title / _pdbx_struct_assembly.details ..._citation.title / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7171
ポリマ－5,7171
非ポリマー00
水1,982110
1
U: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*A)-3')

U: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4352
ポリマ－11,4352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)44.997, 44.997, 94.205
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11U-103-

HOH

21U-159-

HOH

31U-168-

HOH

41U-179-

HOH

51U-195-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5717.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 6000, Lithium chloride, Citric Acid

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.379→38.97 Å / Num. obs: 12286 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.47 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.08
反射 シェル解像度: 1.38→1.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TS0

3ts0


解像度: 1.379→38.969 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1514 615 5.01 %
Rwork0.1296 --
obs0.1308 12272 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.91 Å2 / Biso mean: 20.5869 Å2 / Biso min: 11.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.379→38.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 378 0 110 488
Biso mean---34.39 -
残基数----18
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.922212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3794-1.51820.26161490.205728282977100
1.5182-1.73790.19781500.13282840299099
1.7379-2.18960.14781520.128228923044100
2.1896-38.98410.13161640.119630973261100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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