PDB-5nxk: L. reuteri 53608 SRRP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nxk

タイトル

L. reuteri 53608 SRRP

要素

Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

キーワード

CELL ADHESION / beta-solenoid / L. reuteri / adhesin

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus reuteri ATCC 53608 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.918 Å

データ登録者

Sequeira, S. / Dong, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the role of serine-rich repeat proteins from Lactobacillus reuteriin gut microbe-host interactions.
著者: Sequeira, S. / Kavanaugh, D. / MacKenzie, D.A. / Suligoj, T. / Walpole, S. / Leclaire, C. / Gunning, A.P. / Latousakis, D. / Willats, W.G.T. / Angulo, J. / Dong, C. / Juge, N.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nxk.cif.gz	363.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nxk.ent.gz	297.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nxk_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nxk_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	5nxk_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	5nxk_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ny0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uor-2 6yrd-4 3p08-2 5uox-1 6yrj-1 6vre-1 6yrd-6 6yrj-2 4bid-1 1snx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

B: Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

C: Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

99 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.697, 146.697, 110.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-712- HOH
2	1	A-837- HOH

#1: タンパク質	Serine-rich secreted cell wall anchored (LPXTG-motif ) protein 分子量: 32988.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri ATCC 53608 (バクテリア) 遺伝子: LRATCC53608_0906 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4NNC0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M sodium malonate, 12% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→73.35 Å / Num. obs: 104897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5168 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.918→19.77 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1825	5260	5.02 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.1583	104681	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.918→19.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6897	0	0	999	7896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6970
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	9474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.081	2488
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.918-1.9398	0.2755	163	0.2651	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9398-1.9626	0.2675	186	0.2419	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9626-1.9865	0.262	174	0.2322	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9865-2.0116	0.2527	163	0.228	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0116-2.0381	0.2454	175	0.2173	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0381-2.0659	0.2469	182	0.2183	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0659-2.0954	0.2644	167	0.2117	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0954-2.1267	0.2412	198	0.2079	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1267-2.1599	0.2352	165	0.1964	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1599-2.1952	0.215	185	0.1807	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1952-2.233	0.1839	172	0.1725	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.2736	0.2211	158	0.1859	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2736-2.3172	0.2149	179	0.1699	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3172-2.3645	0.2135	173	0.1676	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3645-2.4158	0.1953	182	0.1626	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4158-2.4719	0.2119	174	0.165	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4719-2.5336	0.1852	196	0.156	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5336-2.6019	0.185	157	0.1517	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6019-2.6783	0.1827	191	0.1569	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6783-2.7645	0.192	161	0.1568	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7645-2.8631	0.1913	158	0.1545	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8631-2.9773	0.1722	194	0.1491	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9773-3.1124	0.1596	168	0.1457	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1124-3.2757	0.1776	171	0.1487	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2757-3.4799	0.1777	165	0.1364	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4799-3.747	0.1498	189	0.1286	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
3.747-4.1209	0.1459	166	0.1305	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1209-4.7102	0.1463	179	0.116	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7102-5.908	0.148	166	0.1441	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
5.908-19.7709	0.1747	203	0.1672	3472	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 69.0294 Å / Origin y: 18.8141 Å / Origin z: -6.4054 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.171 Å²	-0.0155 Å²	-0.0104 Å²	-	0.0986 Å²	0.0045 Å²	-	-	0.1235 Å²
L	0.1879 °²	0.0603 °²	0.0161 °²	-	0.2933 °²	0.1005 °²	-	-	0.1769 °²
S	-0.0441 Å °	-0.0222 Å °	-0.0162 Å °	-0.0815 Å °	-0.0132 Å °	0.0124 Å °	-0.0323 Å °	0.0158 Å °	-0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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