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万見
- PDB-5nx2: Crystal structure of thermostabilised full-length GLP-1R in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nx2
タイトルCrystal structure of thermostabilised full-length GLP-1R in complex with a truncated peptide agonist at 3.7 A resolution
要素
  • Glucagon-like peptide 1 receptor
  • truncated peptide agonist
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7TM / GPCR / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Rappas, M. / Jazayeri, A. / Brown, A.J.H. / Kean, J. / Errey, J.C. / Robertson, N. / Fiez-Vandal, C. / Andrews, S.P. / Congreve, M. / Bortolato, A. ...Rappas, M. / Jazayeri, A. / Brown, A.J.H. / Kean, J. / Errey, J.C. / Robertson, N. / Fiez-Vandal, C. / Andrews, S.P. / Congreve, M. / Bortolato, A. / Mason, J.S. / Baig, A.H. / Teobald, I. / Dore, A.S. / Weir, M. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the GLP-1 receptor bound to a peptide agonist.
著者: Jazayeri, A. / Rappas, M. / Brown, A.J.H. / Kean, J. / Errey, J.C. / Robertson, N.J. / Fiez-Vandal, C. / Andrews, S.P. / Congreve, M. / Bortolato, A. / Mason, J.S. / Baig, A.H. / Teobald, I. ...著者: Jazayeri, A. / Rappas, M. / Brown, A.J.H. / Kean, J. / Errey, J.C. / Robertson, N.J. / Fiez-Vandal, C. / Andrews, S.P. / Congreve, M. / Bortolato, A. / Mason, J.S. / Baig, A.H. / Teobald, I. / Dore, A.S. / Weir, M. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor
B: truncated peptide agonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0887
ポリマ－50,5172
非ポリマー1,5715
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.435, 94.435, 163.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R


分子量: 49028.711 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-432
変異: T207E, Q211A, D215R, L232F, G295A, T298A, C329A, P358A, G361A, H363V, V405A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP1R / プラスミド: pFastBac1-HM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43220
#2: タンパク質・ペプチド truncated peptide agonist


分子量: 1488.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.46 % / 解説: Rod-like crystals
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0-9.0, 32-44% (v/v) PEG 200 / PH範囲: 8.0 - 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryojet
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
詳細: Oxford Danfysik/SESO Two stage demagnification using two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→54.6 Å / Num. obs: 9266 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 135 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.7→4.05 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.024 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2205 / CC1/2: 0.348 / Rpim(I) all: 1.078 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1-2575-000)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IOL, 5EE7

3iol

5ee7


解像度: 3.7→24.677 Å / SU ML: 0.81 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 46.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3341 763 4.74 %Random selection
Rwork0.2847 ---
obs0.2872 9202 92.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→24.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 0 209 0 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0214794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0781972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7002-3.98480.42581620.38953056X-RAY DIFFRACTION92
3.9848-4.38380.38181320.31843116X-RAY DIFFRACTION93
4.3838-5.01350.32981480.2773053X-RAY DIFFRACTION92
5.0135-6.29910.38631800.32793060X-RAY DIFFRACTION92
6.2991-24.67770.2891410.24613043X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27080.8695-0.41220.9255-0.43561.5128-0.01471.0621-0.04940.25720.05440.80130.4979-1.5301-01.72280.25910.24711.7340.18641.7214-0.154240.4612-18.1541
21.03710.4209-1.15891.4869-1.8095.71070.60180.2175-0.0865-0.1350.00880.10160.3132-0.4639-0.00011.1270.109-0.17261.01190.07721.3676-21.162815.034810.2689
36.0722.3176-2.88454.43843.20965.546401.08810.3348-1.78720.0395-0.1232.0604-1.81980.06180.635-0.1807-0.21391.63650.25831.0128-24.361520.211526.1889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 138 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 334 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 335 through 417 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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