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万見
- PDB-5nv6: Structure of human transforming growth factor beta-induced protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nv6
タイトルStructure of human transforming growth factor beta-induced protein (TGFBIp).
要素Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / response to stimulus / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / localization / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception ...negative regulation of cell adhesion / response to stimulus / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / localization / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception / extracellular matrix organization / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Garcia-Castellanos, R. / Nielsen, S.N. / Runager, K. / Thogersen, B.I. / Goulas, T. / Enghild, J.J. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64487-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessMDM-2014-0435 スペイン
Catalan Department of Economy2014SGR9 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessJCI-2012-13573 スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Implications of Human Transforming Growth Factor beta-Induced Protein, TGFBIp, in Corneal Dystrophies.
著者: Garcia-Castellanos, R. / Nielsen, N.S. / Runager, K. / Thgersen, I.B. / Lukassen, M.V. / Poulsen, E.T. / Goulas, T. / Enghild, J.J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,5993
ポリマ－149,5402
非ポリマー591
水3,495194
1
A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8292
ポリマ－74,7701
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7701
ポリマ－74,7701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.840, 114.840, 181.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 / Beta ig-h3 / Kerato-epithelin / RGD-containing collagen-associated protein / RGD-CAP


分子量: 74769.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The purified and crystallised protein is from Gly24 to Ala647. The first 23 amino acids are forming a signal peptide which is removed during expression. Also, there is a truncation after ...詳細: The purified and crystallised protein is from Gly24 to Ala647. The first 23 amino acids are forming a signal peptide which is removed during expression. Also, there is a truncation after Ala647 during the expression.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI, BIGH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15582
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
解説: Hexagonal crystals with maximal dimensions of 10x10x60 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4% polyethylene glycol 4,000 0.1 M sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→48.5 Å / Num. obs: 28689 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 57.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.93→3.11 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.112 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4338 / CC1/2: 0.58 / Rrim(I) all: 1.187 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
BUSTER-TNT精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VXP

2vxp


解像度: 2.93→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 648 2.27 %Random
Rwork0.219 ---
obs0.22 27941 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.697 Å20 Å20 Å2
2--0.697 Å20 Å2
3----1.394 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9075 0 4 194 9273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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