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万見
- PDB-5nv1: SH3 domain from Mouse cortactin (C 2 2 21 crystal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nv1
タイトルSH3 domain from Mouse cortactin (C 2 2 21 crystal form)
要素Src substrate cortactin
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / cortactin / signaling / cancer / invadopodium
機能・相同性
機能・相同性情報


lamellipodium organization / Arp2/3 complex binding / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of mitophagy / positive regulation of smooth muscle contraction / profilin binding / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of chemotaxis ...lamellipodium organization / Arp2/3 complex binding / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of mitophagy / positive regulation of smooth muscle contraction / profilin binding / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of chemotaxis / postsynaptic actin cytoskeleton / focal adhesion assembly / proline-rich region binding / dendritic spine maintenance / podosome / regulation of axon extension / cortical cytoskeleton / positive regulation of actin filament polymerization / neuron projection morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / ruffle / clathrin-coated pit / voltage-gated potassium channel complex / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / actin filament / intracellular protein transport / cell motility / cell junction / lamellipodium / growth cone / actin cytoskeleton organization / cell cortex / dendritic spine / focal adhesion / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hs1/Cortactin / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / Cortactin, SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...Hs1/Cortactin / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / Cortactin, SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Src substrate cortactin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Twafra, S. / Dessau, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SH3 domain from Mouse cortactin (C 2 2 21 crystal form)
著者: Twafra, S. / Gil-Henn, H. / Dessau, M.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Src substrate cortactin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1144
ポリマ－6,8031
非ポリマー3123
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.360, 55.950, 50.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Src substrate cortactin


分子量: 6802.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cttn, Ems1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q60598
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M Mg-sulfate, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.007997 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→33.2 Å / Num. obs: 9248 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.51
反射 シェル解像度: 1.51→1.58 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X69

1x69


解像度: 1.51→33.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs9223 98.3 %
原子変位パラメータBiso max: 139.35 Å2 / Biso mean: 25.9728 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→33.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数479 0 19 67 565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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