PDB-5nuv: Structure of the WD40-domain of human ATG16L1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nuv

タイトル

Structure of the WD40-domain of human ATG16L1

要素

Autophagy-related protein 16-1

キーワード

PROTEIN BINDING / ATG16L1 / WD40 / seven-bladed beta-propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

C-terminal protein lipidation / Atg12-Atg5-Atg16 complex / negative regulation of dendrite extension / vacuole-isolation membrane contact site / ubiquitin-like protein transferase activity / microautophagy / dendrite arborization / xenophagy / corpus callosum development / protein localization to phagophore assembly site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Bajagic, M. / Scrima, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structure of the WD40-domain of human ATG16L1.
著者: Bajagic, M. / Archna, A. / Busing, P. / Scrima, A.

履歴

登録	2017年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nuv.cif.gz	184.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nuv.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nuv_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nuv_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	5nuv_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	5nuv_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cnxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5y72-1 4aow-3 2we2-d 4j8b-d 2z2o-2 4yvd-d 5y84-2 2z2n-d 5z46-2 6pg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autophagy-related protein 16-1

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.550, 38.220, 45.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.740, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-979- HOH

#1: タンパク質	Autophagy-related protein 16-1 / APG16-like 1 分子量: 33489.051 Da / 分子数: 1 / 変異: E354A/K355A/Y607P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG16L1, APG16L, UNQ9393/PRO34307 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q676U5
#2: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.45 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 / 詳細: 1.61 M (NH4)2SO4, 0.09 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→43.909 Å / Num. obs: 38280 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.736 % / B_iso Wilson estimate: 19.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 15.62

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.65	6.682	0.73	2.45	6488	0.827	0.792	99.6
1.65-1.75	6.805	0.489	3.79	5109	0.923	0.53	99.9
1.75-1.85	6.701	0.309	5.88	4032	0.965	0.336	99.8
1.85-1.95	6.337	0.2	8.77	3263	0.983	0.218	99.9
1.95-2	6.476	0.149	11.57	1417	0.988	0.163	100
2-2.2	7.079	0.12	15.27	4420	0.993	0.13	99.8
2.2-2.4	6.993	0.091	18.95	3093	0.996	0.098	99.8
2.4-2.6	6.791	0.077	21.89	2175	0.997	0.083	100
2.6-2.8	6.26	0.059	25.49	1634	0.997	0.064	99.8
2.8-3	6.631	0.053	29.77	1220	0.998	0.058	99.7
3-3.2	7.148	0.045	35.71	939	0.999	0.049	99.9
3.2-3.4	7.069	0.038	41.43	735	0.999	0.041	100
3.4-3.6	7.037	0.034	44.87	575	0.999	0.037	99.5
3.6-3.8	6.887	0.033	45.94	478	0.999	0.036	100
3.8-4	6.852	0.034	47.27	371	0.999	0.037	100
4-6	6.338	0.032	47.61	1614	0.999	0.035	99.7
6-10	7.038	0.036	50.63	557	0.999	0.039	99.3
10-43.909	5.794	0.034	48.62	160	0.999	0.037	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CNX

2cnx

解像度: 1.55→43.909 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	1914	5 %
R_work	0.1649	-	-
obs	0.1666	38278	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.55 Å² / B_iso mean: 29.9829 Å² / B_iso min: 8.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→43.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	16	220	2531
B_iso mean	-	-	43.8	36.72	-
残基数	-	-	-	-	301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.108	3223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.643	1419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5501-1.5888	0.3238	135	0.278	2574	2709	99
1.5888-1.6318	0.3129	135	0.246	2559	2694	100
1.6318-1.6798	0.2782	136	0.2168	2593	2729	100
1.6798-1.734	0.2257	135	0.204	2563	2698	100
1.734-1.796	0.2412	135	0.1962	2572	2707	100
1.796-1.8679	0.2266	136	0.1847	2584	2720	100
1.8679-1.9529	0.1999	136	0.163	2566	2702	100
1.9529-2.0559	0.1913	137	0.1539	2606	2743	100
2.0559-2.1847	0.2012	137	0.1583	2603	2740	100
2.1847-2.3534	0.2047	136	0.1679	2585	2721	100
2.3534-2.5902	0.2093	137	0.1673	2611	2748	100
2.5902-2.9649	0.2047	138	0.1605	2617	2755	100
2.9649-3.7352	0.178	139	0.1493	2634	2773	100
3.7352-43.9265	0.1617	142	0.1502	2697	2839	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7273	0.6654	0.269	0.8789	-0.7717	1.5414	-0.0542	0.3109	0.0272	-0.2557	-0.0534	-0.053	-0.1613	-0.1012	-0.0039	0.1967	0.0566	-0.0284	0.1746	-0.038	0.151	55.3673	34.7987	2.6029
2	0.7402	0.146	-0.0179	1.2362	0.02	0.5929	-0.0045	0.2765	0.063	-0.2681	0.0396	-0.0422	-0.2235	-0.0126	0.0215	0.2408	0.1354	-0.0451	0.4764	-0.0519	0.2232	46.9672	38.7538	1.1791
3	0.8949	0.1266	-0.2239	0.8646	-0.4305	0.806	-0.0387	0.0363	-0.0596	-0.1192	0.1365	0.3141	-0.0622	-0.8169	0.1328	0.0035	0.0799	-0.1	0.5839	-0.0889	0.1755	39.8964	32.0085	10.83
4	1.1629	-0.305	-0.0832	0.4477	-0.6939	1.3978	0.0808	0.1048	-0.4402	-0.0024	-0.1834	0.1688	0.3935	-0.6367	0.0254	0.1754	-0.0482	0.0034	0.5019	-0.0724	0.2098	42.92	25.4949	19.3894
5	0.3763	-0.0108	0.1068	0.5397	-0.0963	0.2622	-0.132	0.1599	-0.2294	-0.2359	0.1474	0.1061	0.2381	-0.5912	-0.0176	0.177	-0.237	0.0611	0.6282	-0.071	0.2142	39.0744	24.3866	24.7648
6	0.9373	-0.5858	0.025	0.8665	-0.6486	0.8068	-0.0156	-0.0433	-0.26	0.1191	-0.0979	0.2027	0.3621	-0.1671	-0.0081	0.1934	-0.0389	0.0501	0.1277	-0.0312	0.1902	52.8478	21.778	24.9498
7	1.3825	-0.1901	0.2181	1.1528	0.0194	0.8109	0.0589	-0.2038	-0.3889	0.1222	-0.0639	0.0658	0.4906	-0.2356	0.012	0.2268	-0.059	0.0194	0.0939	0.0075	0.1998	57.0123	19.585	21.892
8	0.6008	0.2419	0.0446	0.2979	0.0532	0.3064	0.0796	-0.0477	-0.2114	0.0514	0.0081	-0.1362	0.2852	0.0958	0.005	0.2046	0.0224	-0.0175	0.0854	-0.0135	0.2135	66.1697	20.2144	20.0917
9	0.2368	-0.0689	0.1654	0.1318	-0.2838	0.6177	-0.0337	-0.1988	0.2963	0.1628	-0.0907	-0.115	-0.2103	0.0256	-0.0401	0.1343	-0.0002	0.0065	0.0815	-0.0107	0.1909	64.2968	34.7752	18.1382
10	1.1375	-0.1089	0.2527	0.2584	-0.2442	0.9356	0.0481	0.1688	-0.0541	-0.1646	-0.0308	-0.2017	-0.0555	0.0762	-0.0991	0.1466	0.0109	0.0147	0.0611	-0.0253	0.1461	64.4813	28.1503	9.0143
11	1.4895	0.6351	-0.0289	0.3134	0.0024	1.6527	0.0976	0.2022	0.0272	-0.2541	-0.1127	-0.2691	-0.1325	0.3458	-0.0053	0.1782	0.0062	0.0049	0.1489	0.0057	0.1823	69.7772	32.0758	7.4207
12	1.2648	0.4321	0.0946	0.3074	-0.207	0.6242	-0.0912	0.2417	0.0422	-0.2001	0.0002	-0.0375	-0.3108	-0.0468	-0.015	0.1871	0.0332	-0.0022	0.1104	-0.0284	0.1318	59.4896	34.7805	3.293

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 307 through 341 )	A	307 - 341
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 342 through 362 )	A	342 - 362
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 363 through 404 )	A	363 - 404
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 405 through 427 )	A	405 - 427
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 428 through 447 )	A	428 - 447
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 448 through 475 )	A	448 - 475
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 476 through 507 )	A	476 - 507
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 508 through 526 )	A	508 - 526
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 527 through 539 )	A	527 - 539
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 540 through 557 )	A	540 - 557
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 558 through 579 )	A	558 - 579
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 580 through 607 )	A	580 - 607

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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