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- PDB-5nur: Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nur
タイトルStructural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry
要素
  • ABC transporter permease
  • Outer membrane protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / lipid asymmetry / lipoprotein / phospholipid translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


intermembrane phospholipid transfer / colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding ...intermembrane phospholipid transfer / colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion channel activity / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
MlaA lipoprotein / MlaA lipoprotein / Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily ...MlaA lipoprotein / MlaA lipoprotein / Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Abellon-Ruiz, J. / Kaptan, S.S. / Basle, A. / Claudi, B. / Bumann, D. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Union115525 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry.
著者: Abellon-Ruiz, J. / Kaptan, S.S. / Basle, A. / Claudi, B. / Bumann, D. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Outer membrane protein F
D: ABC transporter permease
A: Outer membrane protein F
B: ABC transporter permease
E: Outer membrane protein F
F: ABC transporter permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,84623
ポリマ－190,4366
非ポリマー4,41017
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20300 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area70260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.550, 179.660, 133.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 CAEDBF

#1: タンパク質 Outer membrane protein F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: タンパク質 ABC transporter permease / Lipoprotein / Phospholipid-binding lipoprotein MlaA / Putative phospholipid-binding lipoprotein ...Lipoprotein / Phospholipid-binding lipoprotein MlaA / Putative phospholipid-binding lipoprotein MlaA / VacJ protein


分子量: 26364.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: mlaA, vacJ, AGG09_21815, BB749_07690, BCB67_11070, BL143_09030, BN49_3944, PMK1_00224, SAMEA3531778_01593, SM30_03044, SM57_02930
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W8AQT6

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 940.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][P]{[(0+1)][a-D-AllpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 940.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][P]{[(0+1)][a-D-AllpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+1)][<C8O7>]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D- ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(3-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 720.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][P]{[(0+1)][a-D-AllpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 14分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97956 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→54.27 Å / Num. obs: 60533 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.29→3.35 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3023 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.534 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZFG

2zfg


解像度: 3.29→47.399 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 2950 4.88 %
Rwork0.2193 --
obs0.2212 60457 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→47.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12650 0 270 0 12920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30917938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6647453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.34390.39531230.36482743X-RAY DIFFRACTION99
3.3439-3.40160.39591350.3372743X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.46340.36081360.31922710X-RAY DIFFRACTION99
3.4634-3.530.29571340.29772742X-RAY DIFFRACTION99
3.53-3.6020.32811610.27562706X-RAY DIFFRACTION99
3.602-3.68030.31671350.27222710X-RAY DIFFRACTION99
3.6803-3.76590.30571490.25722749X-RAY DIFFRACTION99
3.7659-3.86010.30881560.25052711X-RAY DIFFRACTION99
3.8601-3.96440.26531500.24162719X-RAY DIFFRACTION99
3.9644-4.0810.29351300.23612743X-RAY DIFFRACTION99
4.081-4.21260.25651360.22352741X-RAY DIFFRACTION99
4.2126-4.36310.26941550.20492741X-RAY DIFFRACTION100
4.3631-4.53760.2591330.18472729X-RAY DIFFRACTION100
4.5376-4.7440.23151440.192734X-RAY DIFFRACTION99
4.744-4.99380.22571490.19072738X-RAY DIFFRACTION100
4.9938-5.30630.22511420.17772753X-RAY DIFFRACTION99
5.3063-5.71540.26311340.19112756X-RAY DIFFRACTION100
5.7154-6.28940.28051360.18962751X-RAY DIFFRACTION99
6.2894-7.19670.23621680.18422733X-RAY DIFFRACTION100
7.1967-9.05680.21241140.18852792X-RAY DIFFRACTION99
9.0568-47.40390.21571300.23142763X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01880.4972-0.29371.62940.55461.821-0.07-0.04740.02660.24920.0710.0207-0.3627-0.1168-0.0081.00790.1332-0.12751.01350.08281.027533.1955-70.155550.2251
20.0642-0.37760.10683.4127-1.87411.26540.04930.04670.20740.55330.06310.1218-0.54070.0023-0.07861.50530.0453-0.34041.35650.08591.300739.8694-29.792624.4377
30.856-0.27740.07041.2170.31991.8495-0.02790.232-0.1618-0.21950.1402-0.12690.04120.1611-0.07550.8958-0.1609-0.0011.0385-0.0150.906561.8303-73.379425.0312
40.5804-0.2189-0.75362.26380.88761.13220.1207-0.0949-0.0881-0.5210.0039-0.16750.10880.4189-0.1881.8688-0.0568-0.34931.3549-0.2111.247369.9131-112.7104-1.7392
50.8002-0.21570.10941.09990.15510.95750.0611-0.0077-0.37770.17150.08330.25830.3392-0.2318-0.14321.1211-0.1737-0.15440.98680.02761.184845.3767-104.827939.4356
61.65961.7948-1.78123.2424-0.65763.1157-0.0490.4067-0.10740.39880.03360.3210.3716-0.6389-0.03370.7096-0.1984-0.02731.51120.04411.22631.4367-105.97858.9677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 1 through 340)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 13 through 211)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 1 through 340)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 14 through 211)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 340)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 14 through 211)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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