PDB-5ntc: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0678

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ntc

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0678

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0678
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2017年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ntc.cif.gz	792.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ntc.ent.gz	678.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ntc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ntc_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ntc_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5ntc_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	5ntc_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5ntc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5ntc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5isa-d 5tbi-d 5k8x-d 5u4x-d 5ish-d 5is8-d 5lv2-1 5lkj-d 5is7-d 6s71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.909, 99.151, 206.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 41985.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 41985.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 7種, 599分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#6: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-6L7 / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(2-azaniumylethyl)-[(3~{S})-3-azaniumyl-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]azanium 分子量: 413.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₉N₈O₅
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: BTP pH 7.5 100 mM, PEG 2000 MME 25 %, NaCl 50 mM

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.276 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.276 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 73787 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / R_sym value: 0.441 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.25→19.941 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.58

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2162	3639	4.94 %	Random selection
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.1799	73710	99.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10903	0	260	574	11737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	15579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.039	4214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2023

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2491-2.2786	0.2825	141	0.234	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2786-2.3098	0.2784	127	0.2245	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3098-2.3428	0.2656	141	0.2214	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3428-2.3777	0.2813	121	0.2072	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3777-2.4148	0.2268	133	0.2218	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4148-2.4543	0.2502	150	0.2179	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4543-2.4965	0.2465	142	0.2123	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4965-2.5418	0.255	131	0.1982	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5418-2.5906	0.2326	141	0.2011	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5906-2.6434	0.2596	136	0.1976	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6434-2.7007	0.2326	145	0.1983	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7007-2.7634	0.2544	121	0.194	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7634-2.8323	0.2349	149	0.1937	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8323-2.9087	0.241	139	0.1995	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9087-2.994	0.2094	127	0.198	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.994-3.0903	0.26	155	0.1942	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0903-3.2003	0.2351	139	0.1953	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2003-3.3279	0.2194	136	0.1862	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3279-3.4786	0.2216	127	0.1727	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4786-3.6609	0.2185	139	0.1632	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6609-3.8887	0.1786	158	0.1607	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8887-4.1864	0.2048	145	0.1495	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1864-4.603	0.1658	145	0.1367	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.603-5.2583	0.1684	132	0.1374	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2583-6.5851	0.1852	153	0.177	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5851-19.9416	0.2248	166	0.1866	2769	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0954	-0.0672	0.0193	0.0752	0.0487	0.0764	-0.0095	-0.0512	0.1026	0.0435	-0.0624	0.0742	-0.1316	0.0332	-0.0576	0.3108	-0.0941	-0.015	0.1958	-0.0435	0.294	55.8147	40.1707	134.6424
2	0.0315	0.0128	0.0164	0.0133	-0.0823	0.1502	0.0971	0.0502	-0.0187	0.0175	-0.0252	-0.0278	-0.0542	0.0777	0.0231	0.143	-0.0137	0.0146	0.1155	-0.0152	0.3085	48.0007	11.8539	119.0656
3	0.1195	0.0584	0.0046	0.1332	-0.0503	0.0943	-0.0218	0.0826	-0.0289	-0.0207	0.0189	0.0089	-0.0454	0.1253	-0.0007	0.2012	-0.0847	0.0355	0.2364	-0.052	0.2792	60.3071	19.3099	119.2362
4	0.155	0.065	-0.0224	0.1603	0.0427	0.1719	0.2338	0.1332	0.018	-0.0146	-0.0471	-0.0705	-0.2995	-0.2992	0.1643	0.1911	0.2454	0.0822	0.178	0.0557	0.2554	18.6005	18.4108	114.535
5	0.0009	0.0058	0.0019	0.0122	-0.0297	0.0217	0.092	-0.0086	-0.0441	0.1307	0.0043	0.0739	-0.1205	0.0463	-0.0001	0.386	-0.0738	0.0548	0.3197	-0.0562	0.3059	38.5437	28.8924	148.4062
6	0.0236	0.0024	-0.0022	0.0324	0.0368	0.0381	0.1282	-0.0345	0.0322	0.0632	-0.012	-0.0225	-0.0505	-0.1412	0.001	0.3263	0.0883	0.0517	0.3448	0.0025	0.3422	17.4749	21.6304	137.5285
7	0.1392	-0.0366	-0.0067	0.016	0.052	0.0842	0.0784	-0.0575	-0.0367	0.0629	0.0718	-0.0512	-0.1638	-0.1419	0.0117	0.2727	0.0605	0.0691	0.2641	0.0005	0.2719	17.3564	22.5241	139.8498
8	0.0377	0.0067	0.0314	0.0209	0.0161	0.0226	0.1014	-0.0215	-0.0648	0.0212	0.0741	-0.1134	-0.1961	-0.0158	0.0002	0.4119	0.0572	0.1097	0.4061	-0.0379	0.3511	25.662	29.1324	141.1113
9	0.0617	0.0366	-0.0381	0.0408	-0.0267	0.0268	0.0639	0.1788	-0.0565	0.1406	-0.0262	-0.0377	-0.4027	-0.1068	0.0007	0.7206	0.1789	0.0488	0.4463	0.0273	0.3032	22.5295	42.1819	172.9908
10	0.6854	0.1921	0.0075	0.1677	0.1383	0.1832	0.1499	-0.0521	-0.2567	0.0691	-0.0515	0.0414	-0.3075	-0.1763	0.1893	0.4317	0.1374	0.1083	0.2859	-0.0407	0.1103	26.1673	21.0703	190.6349
11	0.1671	0.1616	-0.0067	0.2547	-0.0202	0.0335	0.1216	0.1065	-0.1234	0.0602	-0.15	0.0174	-0.2474	-0.2945	0.0028	0.4333	0.1657	0.1051	0.5059	-0.0371	0.3201	16.4031	20.1852	190.5274
12	0.0504	0.0424	0.0245	0.0787	0.0048	0.0238	0.1552	-0.0259	0.0262	0.0616	-0.0564	0.0919	-0.1311	0.3095	0	0.3668	-0.0886	0.0229	0.4864	-0.0289	0.2959	57.6241	16.8859	195.8788
13	0.0179	-0.0174	-0.0171	0.0063	0.0213	0.0361	0.0689	-0.0453	-0.0933	0.0025	-0.0546	-0.0411	-0.2626	0.0489	0	0.4727	0.0046	0.0298	0.4898	0.0231	0.3836	39.7714	27.6119	163.2606
14	0.022	-0.0151	0.0014	0.0146	-0.0106	0.0114	-0.0252	-0.0526	-0.0394	-0.0301	-0.0169	0.0505	-0.0291	0.1348	-0	0.5124	-0.1206	0.0194	0.6647	-0.014	0.345	63.5884	23.0585	175.2608
15	0.0198	0.0048	-0.0322	0.0015	-0.0061	0.0351	-0.018	-0.0578	0.011	-0.1039	0.0221	0.0445	-0.0413	0.2257	0	0.3813	-0.0393	0.0079	0.5503	0.008	0.3078	58.1707	17.1746	170.1292
16	0.0688	-0.0222	0.0504	0.005	-0.0137	0.0282	0.1107	0.0152	-0.0484	0.0203	0.0725	0.1459	-0.0502	0.053	-0	0.5189	-0.0507	0.0832	0.5655	0.0103	0.3462	54.2004	29.1509	168.6853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 146:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 146:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 149:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 146:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:478)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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