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- PDB-5nt1: Complex of influenza A NS1 effector domain with TRIM25 coiled coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nt1
タイトルComplex of influenza A NS1 effector domain with TRIM25 coiled coil
要素
  • E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
  • Non-structural protein 1
キーワードLIGASE / Viral protein/host protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RIG-I binding / regulation of viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / suppression of viral release by host / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling ...: / Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RIG-I binding / regulation of viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / suppression of viral release by host / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / negative regulation of viral entry into host cell / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to vitamin D / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / RIPK1-mediated regulated necrosis / RSV-host interactions / ligase activity / protein monoubiquitination / viral release from host cell / TRAF6 mediated NF-kB activation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / Viral mRNA Translation / protein K48-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / ERAD pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Termination of translesion DNA synthesis / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / RING-type E3 ubiquitin transferase / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic stress granule / response to estrogen / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / regulation of protein localization / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / host cell cytoplasm / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / nuclear body / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / cadherin binding / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRIM25, PRY/SPRY domain / : / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / SPRY-associated domain ...TRIM25, PRY/SPRY domain / : / Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Koliopoulos, M.G. / Rittinger, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001142 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of influenza A NS1-mediated TRIM25 recognition and inhibition.
著者: Koliopoulos, M.G. / Lethier, M. / van der Veen, A.G. / Haubrich, K. / Hennig, J. / Kowalinski, E. / Stevens, R.V. / Martin, S.R. / Reis E Sousa, C. / Cusack, S. / Rittinger, K.
履歴
登録2017年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
B: Non-structural protein 1
E: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
F: Non-structural protein 1
I: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
J: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2906
ポリマ－117,2906
非ポリマー00
水1448
1
A: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
B: Non-structural protein 1

A: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
B: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1934
ポリマ－78,1934
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
2
I: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
J: Non-structural protein 1

E: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
F: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1934
ポリマ－78,1934
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
3
E: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
F: Non-structural protein 1

I: E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
J: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1934
ポリマ－78,1934
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.380, 225.230, 146.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25 / Estrogen-responsive finger protein / RING finger protein 147 / RING-type E3 ubiquitin transferase / ...Estrogen-responsive finger protein / RING finger protein 147 / RING-type E3 ubiquitin transferase / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM25 / Tripartite motif-containing protein 25 / Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme TRIM25 / Zinc finger protein 147


分子量: 22011.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM25, EFP, RNF147, ZNF147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q14258, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 17084.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03496
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5 25 % PEG 600 200 mM sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→48.68 Å / Num. obs: 52603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.82→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3878 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LTB

4ltb


解像度: 2.82→48.685 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 2600 4.94 %
Rwork0.1949 --
obs0.1964 52584 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7030 0 0 8 7038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7344475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82-2.87130.4071260.39422634X-RAY DIFFRACTION100
2.8713-2.92650.40681360.342594X-RAY DIFFRACTION100
2.9265-2.98620.40711640.30962570X-RAY DIFFRACTION100
2.9862-3.05120.36551100.27322637X-RAY DIFFRACTION100
3.0512-3.12210.28881230.26392601X-RAY DIFFRACTION100
3.1221-3.20020.3311210.25392612X-RAY DIFFRACTION100
3.2002-3.28670.27761470.24262598X-RAY DIFFRACTION100
3.2867-3.38340.2411960.22842654X-RAY DIFFRACTION100
3.3834-3.49260.25311310.23132619X-RAY DIFFRACTION100
3.4926-3.61740.25081370.20632616X-RAY DIFFRACTION100
3.6174-3.76210.22371460.19592617X-RAY DIFFRACTION100
3.7621-3.93330.25551390.17482620X-RAY DIFFRACTION100
3.9333-4.14060.19951370.16422611X-RAY DIFFRACTION100
4.1406-4.39980.20481450.15082636X-RAY DIFFRACTION100
4.3998-4.73930.19971280.15132644X-RAY DIFFRACTION100
4.7393-5.21570.18181560.15472632X-RAY DIFFRACTION100
5.2157-5.96930.23731460.19252664X-RAY DIFFRACTION100
5.9693-7.51620.22021630.2112655X-RAY DIFFRACTION100
7.5162-48.69210.15811490.1642770X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20280.09970.20932.3912-2.24053.5762-0.0344-0.0212-0.0097-0.3671-0.3365-0.38110.64220.53470.03950.55540.12340.09190.4295-0.00970.51938.325105.31983.4616
22.0178-0.45591.58131.1428-1.8383.3516-0.14880.2657-0.1753-1.3203-0.4226-0.83880.88151.2870.31832.2825-0.76030.75752.64360.47650.162347.1825148.1887-65.6451
32.00190.28-0.21533.0814-4.12816.8196-0.07090.27680.27430.10730.75510.4844-0.4196-1.4444-0.62070.6152-0.0002-0.02150.3028-0.04380.54225.2572123.8431-11.6898
45.9081-1.7325-0.01012.33991.01060.30480.32121.3304-0.7333-0.2525-0.14690.15660.41170.8161-0.22850.58590.1243-0.05760.6194-0.13740.589118.57799.7991-33.6741
55.25085.31716.5995.40146.75038.4642-0.24980.72981.0396-0.56710.1454-0.0866-0.0578-0.1384-0.28060.64610.17360.00450.62250.09990.53859.0779114.558-37.7357
64.56552.61641.65426.33612.05563.0906-0.16610.84980.0115-0.58670.13620.64490.0656-0.1642-0.04690.47710.1155-0.12310.649-0.0560.55586.346107.0266-37.0782
74.89050.26731.1873.27691.00672.72810.431-0.0341-0.38260.4754-0.19610.05970.38390.0733-0.14450.39780.1138-0.0490.3926-0.02010.411317.0112103.1579-25.2246
82.3724-1.6906-0.60271.6794-1.19685.09610.16280.5659-0.0956-0.3544-0.3756-0.2073-0.31470.37490.27690.45560.0877-0.03110.6032-0.00350.599415.9117107.4133-33.1336
95.85240.20561.54523.0189-0.10033.71550.075-0.07330.3552-0.067-0.26450.4164-0.0082-0.44620.20360.42040.00560.06350.45-0.0520.50424.8807106.9841-28.1846
104.1665-0.92713.19192.97680.73413.53851.1277-2.5927-1.35380.835-0.11340.46740.0991-0.6631-0.94880.6813-0.0082-0.04160.8640.18990.828912.9526102.4695-17.0548
111.39480.9519-1.2180.8765-0.72612.1819-0.0918-0.3112-0.2386-0.0516-0.1683-0.1440.20530.68840.06870.38410.0224-0.02460.60610.06230.516558.2758139.7556-3.4558
121.8616-1.2944-2.58790.93441.87283.6671-0.2843-0.9553-0.38440.4083-0.2093-0.0556-0.17751.03030.18852.303-0.19360.21591.77910.24450.969325.5228110.40865.3427
132.82570.7619-3.66112.5381-2.327.24240.59910.06910.5190.53810.28340.5743-0.8587-0.7421-0.53570.3923-0.14960.01760.6016-0.04730.572535.5204141.792911.5819
145.9042-1.32510.37936.14833.7152.91280.93311.46610.29440.04130.4915-0.4162-0.25961.2633-0.05720.43420.103-0.07270.7836-0.0730.71756.1988153.800520.3266
155.9883-0.9933-0.80694.7756-0.33860.1494-0.5008-0.80130.53130.2296-0.1235-0.58390.8131.00210.08570.40970.1081-0.06110.7632-0.13780.486957.0156159.260433.9322
163.7227-3.0858-1.19193.1220.83610.4489-1.2195-1.40430.37260.99560.94220.26330.48570.71650.26050.78980.1999-0.12391.136-0.16820.554147.1777163.466343.7154
174.53352.86172.80532.3222.09522.105-0.7289-1.1727-0.76411.2415-0.12160.95740.28340.53740.05750.5570.01930.09930.76610.07120.464435.779160.095937.8894
181.95971.02351.37743.84365.45947.94290.0022-0.3679-0.43570.6878-0.00310.04220.18020.0789-0.19590.3960.0460.02510.4929-0.03330.482339.6838159.381335.4102
192.5873-0.47220.22133.20790.62082.8015-0.2417-0.31050.57540.33380.2450.1119-0.22220.09470.00380.37570.053-0.03030.5971-0.09290.446647.5358166.578430.7949
202.8113-0.0319-0.07665.763.86884.5066-0.3546-0.04410.2904-0.16060.8119-0.55930.06470.6726-0.48010.29820.02710.02030.4751-0.04240.440948.8934157.167724.8461
213.5669-1.18780.56952.7536-0.46894.7231-0.2849-0.8409-0.38930.37720.4278-0.57150.38710.2747-0.05640.44880.137-0.01720.6397-0.00450.626845.3165157.829133.1795
223.3768-1.4247-0.61514.71960.94173.0926-0.0854-0.15680.4418-0.09060.23160.3281-0.2527-0.2776-0.06740.38790.0225-0.07880.47660.00490.536640.1814167.620128.3047
232.0718-0.391-3.2152.11190.33497.05620.55331.29451.3671-1.69090.08070.2038-0.96820.7757-0.39170.85590.0403-0.00460.85690.17440.91448.4088163.410116.8835
241.7008-0.69211.44030.4918-0.83382.845-0.3291-0.09460.2330.16090.0598-0.1059-0.6667-0.15710.0290.5660.0882-0.01590.4498-0.06930.547645.681992.6867-3.2289
251.7458-1.23060.76812.7134-2.71932.824-0.1536-0.35770.53820.57390.1918-0.1897-1.0845-0.69910.16081.6281-0.2338-0.25232.1416-0.18930.577987.561579.566365.2872
264.2402-0.644.09521.4415-1.41173.65460.613-0.5314-0.9763-0.06650.40330.08120.838-0.6339-0.59110.42240.13850.05140.51550.04750.561255.327972.113711.6499
275.23871.6349-0.28394.0575-0.10171.14940.40350.12490.47670.1594-0.39690.6535-1.4188-0.83050.04320.70720.1690.13630.38240.03440.601331.600982.921228.3376
282.7597-0.34430.16285.825-0.93820.40590.4732-0.2934-0.28651.9784-0.3853-0.0201-0.40.1501-0.01580.97350.01540.04630.53540.06130.452234.110567.971541.4072
295.27763.5351-6.76943.8823-3.5449.43520.1775-0.2544-0.16560.3887-0.35-0.5053-0.2912-0.2512-0.0480.5570.01460.02830.36210.08840.604237.876566.943735.587
305.66370.8712-2.08353.6931-0.67943.74540.21230.30970.14540.4464-0.06760.5545-0.2558-0.2579-0.08060.5290.05270.04890.34150.00990.426631.232572.960728.1851
311.2215-2.02851.23933.4357-1.75254.4151-0.176-0.1730.57720.9579-0.04670.4433-0.4631-0.46020.32580.6138-0.04790.15220.3591-0.08480.626128.69471.843335.8241
320.0229-0.02950.01680.03480.06390.1551-0.29570.16790.73050.55370.5671-1.3697-0.1261.262-0.43870.5837-0.0297-0.1710.7018-0.0921.103447.305573.284729.8552
334.90981.7927-1.30535.5956-1.24413.5466-0.18290.4282-0.77160.40590.1160.00460.4521-0.22780.0270.4262-0.00540.03080.3963-0.09620.520930.430963.28428.4556
346.36683.4746-0.70852.7271-1.74882.35630.23611.3522-0.0384-1.57070.47280.64130.5774-0.5492-0.67630.90950.0533-0.12260.70630.00460.800330.783172.732617.3156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 190 through 298 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 299 through 316 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 317 through 362 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 86 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 107 through 112 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 113 through 126 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 127 through 151 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 152 through 170 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 171 through 195 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 196 through 205 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 190 through 298 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 299 through 316 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 317 through 362 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 86 through 91 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 92 through 99 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 100 through 106 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 107 through 112 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 113 through 120 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 121 through 137 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 138 through 151 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 152 through 170 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 171 through 195 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 196 through 205 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 190 through 298 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 299 through 316 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resid 317 through 362 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'J' and (resid 86 through 99 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resid 100 through 112 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'J' and (resid 113 through 120 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 121 through 151 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resid 152 through 162 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'J' and (resid 163 through 170 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'J' and (resid 171 through 195 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'J' and (resid 196 through 204 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る