PDB-5nst: Human monoclonal antibody with a LAIR1 insertion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nst

タイトル

Human monoclonal antibody with a LAIR1 insertion

要素

Heavy Chain of antibody MGD21
Light Chain of antibody MGD21

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody LAIR1 insertion

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Hsieh, F.-L. / Higgins, M.K.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The structure of a LAIR1-containing human antibody reveals a novel mechanism of antigen recognition.
著者: Hsieh, F.L. / Higgins, M.K.

履歴

登録	2017年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nst.cif.gz	427.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nst.ent.gz	355.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nst_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nst_full_validation.pdf.gz	511 KB	表示
XML形式データ	5nst_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	5nst_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3difS 3kgrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ye3-1 6ye3-2 6ye3-3 4z5r-8 6svl-5 5ggv-d 5x8m-d 6svl-4 4z5r-1 4z5r-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Light Chain of antibody MGD21

B: Heavy Chain of antibody MGD21

C: Light Chain of antibody MGD21

D: Heavy Chain of antibody MGD21

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Light Chain of antibody MGD21

B: Heavy Chain of antibody MGD21

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Light Chain of antibody MGD21

D: Heavy Chain of antibody MGD21

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.823, 86.462, 103.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体

Light Chain of antibody MGD21

分子量: 23472.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

Heavy Chain of antibody MGD21

分子量: 39324.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→81.9 Å / Num. obs: 40863 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 60.71 Å² / Net I/σ(I): 7.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KGR and 3DIF

3kgr

3dif

解像度: 2.52→81.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9306 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9059 / SU R Cruickshank DPI: 0.586 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.521 / SU R_free Blow DPI: 0.293 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.304

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2673	1968	4.82 %	RANDOM
R_work	0.2191	-	-	-
obs	0.2214	40863	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6001 Å²	0 Å²	9.8843 Å²
2-	-	2.8563 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.4564 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.551 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.52→81.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8264	0	52	45	8361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8520	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.23	11614	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2835	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		184	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1236	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8520	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.24
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.31
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1154	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8498	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.52→2.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3082	133	4.44 %
R_work	0.2642	2864	-
all	0.2661	2997	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1379	1.6088	-0.1412	0.7011	-0.2062	0.3494	0.5778	-0.4785	-1.0421	0.2683	-0.4434	-0.5322	0.215	0.1103	-0.1344	-0.1982	-0.1836	-0.2593	-0.2543	0.1552	-0.0414	-35.0941	-52.2139	15.9497
2	3.2766	1.0176	-0.9597	0.7223	-0.5692	0.1919	0.2084	-0.6524	0.0154	0.0063	-0.0887	0.0059	0.1076	0.0765	-0.1197	-0.1691	-0.2831	-0.1478	-0.0426	0.0563	-0.284	-58.4748	-48.2934	24.1387
3	2.7281	-0.3914	-0.0981	1.7961	0.0343	0.8479	0.1092	0.4507	0.1086	-0.2753	-0.1236	-0.5529	-0.4404	-0.0999	0.0144	-0.1669	0.1721	-0.0144	-0.2206	-0.0899	-0.227	-35.5598	-40.6109	-14.65
4	6.2955	-1.1669	0.8736	1.3184	-0.3562	-0.2251	0.0457	1.1777	-0.2969	-0.0806	-0.031	-0.0861	-0.1444	0.0521	-0.0147	-0.2684	0.2978	-0.047	0.0385	-0.1573	-0.4166	-57.8117	-45.3683	-22.4323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|211 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|351 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|1 - C\|208 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|1 - D\|351 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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