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- PDB-5ns8: Crystal structure of beta-glucosidase BglM-G1 mutant H75R from ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ns8
タイトルCrystal structure of beta-glucosidase BglM-G1 mutant H75R from marine metagenome in complex with inhibitor 1-Deoxynojirimycin
要素beta-glucosidase M - G1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta-glucosidase / metagenomes
機能・相同性グリコシダーゼ / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 1-デオキシノジリマイシン
機能・相同性情報
生物種marine metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Mhaindarkar, D.C. / Gasper, R. / Lupilova, N. / Leichert, L.I. / Hofmann, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council281384 ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Loss of a conserved salt bridge in bacterial glycosyl hydrolase BgIM-G1 improves substrate binding in temperate environments.
著者: Mhaindarkar, D. / Gasper, R. / Lupilov, N. / Hofmann, E. / Leichert, L.I.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: beta-glucosidase M - G1
B: beta-glucosidase M - G1
C: beta-glucosidase M - G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,79925
ポリマ－155,5323
非ポリマー2,26722
水13,457747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10480 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area45400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.750, 137.750, 97.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...
21(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...
31(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISALAALA(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA0 - 2315 - 38
12GLNGLNMETMET(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA25 - 9640 - 111
13PHEPHEVALVAL(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA98 - 177113 - 192
14ALAALAILEILE(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA179 - 206194 - 221
15GLUGLUSERSER(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA208 - 211223 - 226
16LEULEUASNASN(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA213 - 220228 - 235
17THRTHRALAALA(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA222 - 378237 - 393
18PHEPHESERSER(chain A and (resid 0 through 23 or resid 25...AA380 - 439395 - 454
21HISHISALAALA(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB0 - 2315 - 38
22GLNGLNMETMET(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB25 - 9640 - 111
23PHEPHEVALVAL(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB98 - 177113 - 192
24ALAALAILEILE(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB179 - 206194 - 221
25GLUGLUSERSER(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB208 - 211223 - 226
26LEULEUASNASN(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB213 - 220228 - 235
27THRTHRALAALA(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB222 - 378237 - 393
28PHEPHESERSER(chain B and (resid 0 through 23 or resid 25...BB380 - 439395 - 454
31HISHISALAALA(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC0 - 2315 - 38
32GLNGLNMETMET(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC25 - 9640 - 111
33PHEPHEVALVAL(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC98 - 177113 - 192
34ALAALAILEILE(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC179 - 206194 - 221
35GLUGLUSERSER(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC208 - 211223 - 226
36LEULEUASNASN(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC213 - 220228 - 235
37THRTHRALAALA(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC222 - 378237 - 393
38PHEPHESERSER(chain C and (resid 0 through 23 or resid 25...CC380 - 439395 - 454

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要素

#1: タンパク質 beta-glucosidase M - G1


分子量: 51844.121 Da / 分子数: 3 / 変異: H75R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) marine metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: beta-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NOJ / 1-DEOXYNOJIRIMYCIN / MORANOLINE / 1-デオキシノジリマイシン / 1-デオキシノジリマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Na-HEPES, 2M AmmSO4, 2% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→48.702 Å / Num. obs: 263967 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.672 % / Biso Wilson estimate: 19.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.97
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.5913.0372.3340.8194100.3942.429100
1.59-1.6312.9931.9241.04189660.4922.003100
1.63-1.6812.6611.6111.28185030.5681.678100
1.68-1.7313.1451.291.72179000.6921.342100
1.73-1.7913.8630.9912.44173850.8041.029100
1.79-1.8513.8690.7533.33168330.8830.782100
1.85-1.9213.7350.5864.35162440.9260.609100
1.92-213.3890.4325.92156190.9580.449100
2-2.0913.7760.3397.73149570.9740.352100
2.09-2.1914.4140.25810.38143590.9850.268100
2.19-2.3114.2820.21712.25136220.990.225100
2.31-2.4513.8680.17714.71129390.9920.184100
2.45-2.6213.6590.14617.42120950.9950.152100
2.62-2.8314.4650.12121.47113430.9960.126100
2.83-3.114.5550.09726.64103890.9980.1100
3.1-3.4713.9030.06934.8394520.9990.072100
3.47-413.5120.05342.6683450.9990.055100
4-4.914.6610.04749.8770540.9990.049100
4.9-6.9313.690.0545.6554890.9990.052100
6.93-48.70214.0570.03954.9430630.9990.04199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.55→48.702 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1722 13201 5 %
Rwork0.1607 --
obs0.1613 263952 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.82 Å2 / Biso mean: 27.3388 Å2 / Biso min: 12.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→48.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10614 0 266 747 11627
Biso mean--43.66 29.14 -
残基数----1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78215206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9756484
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8085X-RAY DIFFRACTION8.305TORSIONAL
12B8085X-RAY DIFFRACTION8.305TORSIONAL
13C8085X-RAY DIFFRACTION8.305TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.55-1.56760.28574400.291382918731
1.5676-1.58610.30364400.289383388778
1.5861-1.60540.29124420.272983478789
1.6054-1.62570.26314360.265683018737
1.6257-1.64710.27154330.257883128745
1.6471-1.66970.26454370.261983358772
1.6697-1.69350.27144430.254883518794
1.6935-1.71880.24754370.241583388775
1.7188-1.74570.22514400.220283528792
1.7457-1.77430.21394390.206482928731
1.7743-1.80490.2194370.190583758812
1.8049-1.83770.20994400.180683458785
1.8377-1.87310.18144410.1783208761
1.8731-1.91130.18824350.165183408775
1.9113-1.95290.18184350.161883018736
1.9529-1.99830.16464470.154883948841
1.9983-2.04830.1684380.154683128750
2.0483-2.10370.16294350.153383578792
2.1037-2.16560.15244410.136783628803
2.1656-2.23550.14724430.136783478790
2.2355-2.31530.15064380.137383748812
2.3153-2.4080.14544430.137183608803
2.408-2.51760.1514370.137983808817
2.5176-2.65040.15354400.142283598799
2.6504-2.81640.16494450.14883998844
2.8164-3.03380.16274380.156683588796
3.0338-3.33910.17754410.158183908831
3.3391-3.82210.14734440.145684358879
3.8221-4.81470.1394450.129784298874
4.8147-48.7260.1764510.164685579008
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6085-0.11990.19531.6622-0.1481.08440.0487-0.0298-0.2799-0.0102-0.041-0.21740.15590.0833-0.00720.16780.00830.03680.16660.01830.3016-13.174835.15932.6028
21.2692-0.08750.32061.5117-0.59881.30350.0625-0.1363-0.11670.0663-0.0345-0.21030.07490.0521-0.02270.13890.00640.00210.13970.03310.2246-11.966241.04610.42
30.98550.09310.14792.00280.38010.4410.0322-0.1051-0.38680.0033-0.0148-0.12410.1656-0.0185-0.01460.2029-0.00690.00970.15740.05450.3013-23.17127.49827.637
41.67670.3096-0.2631.272-0.03971.084-0.07120.1331-0.4537-0.21720.0631-0.00280.259-0.1376-0.00430.2407-0.03210.00920.144-0.02710.3321-30.790324.3981-7.0624
51.03931.32120.52644.06470.71190.3109-0.11080.3328-0.5288-0.37330.158-0.30080.31510.0283-0.06460.4318-0.01160.09850.265-0.13830.4426-17.690823.3679-19.5449
66.05170.923-2.42022.2588-1.01954.6548-0.06330.3823-0.1887-0.22240.11330.05920.1378-0.4722-0.03830.1946-0.01650.02130.1229-0.00560.204-31.789736.8419-10.7195
71.8873-0.01230.34170.9231-0.27360.6106-0.07560.1613-0.1235-0.12730.0103-0.20620.1210.10590.0650.19560.00460.06550.1627-0.01830.2359-13.464741.5673-10.7734
82.8187-1.66082.28163.7189-2.41884.0333-0.02020.15010.0248-0.0903-0.0428-0.17430.05630.18040.06750.1636-0.01250.04810.1576-0.00810.2385-8.682949.5103-7.1546
90.9943-0.1455-0.41541.0040.23421.07-0.0582-0.12330.03440.11660.0299-0.0417-0.05230.01570.05810.13470.0097-0.00990.16240.01950.1161-33.030675.702517.6768
100.9944-0.3047-0.21711.0010.34581.0687-0.0361-0.0810.10320.0341-0.036-0.1244-0.10930.13380.05870.1624-0.0147-0.02730.19370.0090.1694-24.119679.099515.615
111.1811-0.2449-0.21120.48390.08770.7571-0.0451-0.07290.11160.07120.0307-0.0057-0.1062-0.02470.0030.17420.0119-0.01260.15040.00220.142-40.074686.513.4346
122.19240.6855-0.49741.8879-0.84121.2887-0.05410.0304-0.095-0.04490.08330.2065-0.0095-0.1473-0.04220.13080.0138-0.00960.16170.00890.13-55.168776.56648.3778
130.6968-0.0947-0.09461.9881-0.44710.7684-0.0531-0.00210.03040.03440.04260.1214-0.0943-0.08760.00970.11150.0121-0.02090.16010.01160.1095-51.350780.25598.6295
140.6687-0.2450.42042.6633-0.91260.7252-0.0789-0.03680.01130.2220.09270.1571-0.0195-0.0622-0.00180.1721-0.00710.03920.2020.02030.1727-55.531564.057519.7552
153.3529-0.47940.72816.449-2.80594.7397-0.11070.1455-0.0361-0.27440.16920.27840.0702-0.1845-0.05610.11220.00750.02380.1223-0.01430.0728-47.376669.46990.8716
160.5580.06540.14060.57930.25641.7792-0.0092-0.0836-0.06280.0739-0.0027-0.01840.1110.03810.00250.12130.00910.01790.15350.02880.1364-35.945961.669913.7778
171.72040.50030.65243.33712.93765.5650.0348-0.0188-0.18850.07460.0115-0.09290.22150.1113-0.05920.09730.02590.02040.1490.04270.1597-26.280959.540713.6421
180.7204-0.098-0.47931.0189-0.52550.95-0.05220.10980.0812-0.08930.0555-0.0262-0.04990.0332-0.00820.15880.00150.00420.17740.00150.1155-4.97375.6908-20.7185
190.80520.0184-0.38790.6617-0.05490.7798-0.0408-0.0114-0.04560.06150.0063-0.07720.03650.10890.04770.1510.00690.01020.20810.01360.15790.398369.768-14.9172
200.6490.1394-0.09260.5548-0.21340.9891-0.05490.1471-0.0282-0.1240.0433-0.01130.01170.04120.02270.1687-0.00970.03090.21840.00080.1362-2.982769.3686-32.4492
211.4588-1.23340.51782.7585-0.66411.26690.00040.2228-0.0379-0.25480.00140.198-0.0628-0.2286-0.00740.1718-0.0213-0.00990.27160.01370.1267-19.602274.02-39.808
221.2986-0.5405-0.52771.04860.42350.791-0.00240.28060.0189-0.1505-0.0060.0118-0.015-0.12170.0030.1641-0.0258-0.01060.23870.01650.099-15.050571.4462-38.6407
230.8278-0.4261-0.40721.26881.03831.06280.08420.21440.1697-0.2014-0.0624-0.0437-0.21850.0252-0.03340.20530.0374-0.00190.26430.06580.1937-22.247889.5138-33.4258
242.9246-1.3302-0.21816.36122.77373.9877-0.00590.3194-0.1673-0.3178-0.09970.3843-0.0827-0.26730.09970.1243-0.04350.02290.21310.01820.11-25.06668.6849-29.501
251.51980.7128-0.03490.90760.10090.78450.02310.01420.12430.0074-0.02150.0605-0.0563-0.06160.0120.15480.01060.01560.1710.01850.1476-18.308879.7862-15.6149
267.07682.9283-1.61492.5733-0.73781.80320.0745-0.15980.05430.1227-0.05320.0716-0.0133-0.0632-0.01510.16380.01280.01520.16640.00980.1186-15.439777.7696-6.3319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 46 )A2 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 108 )A47 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 209 )A109 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 210 through 298 )A210 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 299 through 325 )A299 - 325
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 349 )A326 - 349
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 350 through 416 )A350 - 416
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 417 through 440 )A417 - 440
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 46 )B2 - 46
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 47 through 108 )B47 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 209 )B109 - 209
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 210 through 265 )B210 - 265
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 266 through 298 )B266 - 298
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 299 through 325 )B299 - 325
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 326 through 349 )B326 - 349
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 350 through 416 )B350 - 416
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 417 through 440 )B417 - 440
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 2 through 46 )C2 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 47 through 108 )C47 - 108
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 109 through 209 )C109 - 209
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 210 through 265 )C210 - 265
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 266 through 298 )C266 - 298
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 299 through 325 )C299 - 325
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 326 through 349 )C326 - 349
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 350 through 416 )C350 - 416
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 417 through 440 )C417 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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