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- PDB-5ns6: Crystal structure of beta-glucosidase BglM-G1 from marine metagenome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ns6
タイトルCrystal structure of beta-glucosidase BglM-G1 from marine metagenome
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / beta-glucosidase / metagenomes
機能・相同性Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種marine metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mhaindarkar, D.C. / Gasper, R. / Lupilova, N. / Leichert, L.I. / Hofmann, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council281384-FuMe ドイツ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Loss of a conserved salt bridge in bacterial glycosyl hydrolase BgIM-G1 improves substrate binding in temperate environments.
著者: Mhaindarkar, D. / Gasper, R. / Lupilov, N. / Hofmann, E. / Leichert, L.I.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
B: Beta-glucosidase
C: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,82137
ポリマ－155,6463
非ポリマー3,17534
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area45560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.020, 138.020, 97.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...
21(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...
31(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSALAALA(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA2 - 2317 - 38
12GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA25 - 8740 - 102
13GLYGLYASNASN(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA89 - 92104 - 107
14GLUGLUMETMET(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA94 - 96109 - 111
15PHEPHELEULEU(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA98 - 107113 - 122
16ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA109 - 124124 - 139
17LEULEUALAALA(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA126 - 142141 - 157
18TYRTYRSERSER(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA144 - 145159 - 160
19LYSLYSTRPTRP(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA147 - 159162 - 174
110THRTHRVALVAL(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA161 - 177176 - 192
111ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA179 - 191194 - 206
112HISHISILEILE(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA193 - 206208 - 221
113GLUGLUSERSER(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA208 - 211223 - 226
114LEULEUALAALA(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA213 - 326228 - 341
115SERSERGLUGLU(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA328 - 334343 - 349
116VALVALALAALA(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA336 - 378351 - 393
117PHEPHETYRTYR(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA380 - 392395 - 407
118ALAALASERSER(chain A and (resid 2 through 23 or resid 25...AA394 - 439409 - 454
21LYSLYSALAALA(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB2 - 2317 - 38
22GLNGLNGLYGLY(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB25 - 8740 - 102
23GLYGLYASNASN(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB89 - 92104 - 107
24GLUGLUMETMET(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB94 - 96109 - 111
25PHEPHELEULEU(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB98 - 107113 - 122
26ARGARGGLNGLN(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB109 - 124124 - 139
27LEULEUALAALA(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB126 - 142141 - 157
28TYRTYRSERSER(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB144 - 145159 - 160
29LYSLYSTRPTRP(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB147 - 159162 - 174
210THRTHRVALVAL(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB161 - 177176 - 192
211ALAALAALAALA(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB179 - 191194 - 206
212HISHISILEILE(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB193 - 206208 - 221
213GLUGLUSERSER(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB208 - 211223 - 226
214LEULEUALAALA(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB213 - 326228 - 341
215SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB328 - 334343 - 349
216VALVALALAALA(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB336 - 378351 - 393
217PHEPHETYRTYR(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB380 - 392395 - 407
218ALAALASERSER(chain B and (resid 2 through 23 or resid 25...BB394 - 439409 - 454
31LYSLYSALAALA(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC2 - 2317 - 38
32GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC25 - 8740 - 102
33GLYGLYASNASN(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC89 - 92104 - 107
34GLUGLUMETMET(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC94 - 96109 - 111
35PHEPHELEULEU(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC98 - 107113 - 122
36ARGARGGLNGLN(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC109 - 124124 - 139
37LEULEUALAALA(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC126 - 142141 - 157
38TYRTYRSERSER(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC144 - 145159 - 160
39LYSLYSTRPTRP(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC147 - 159162 - 174
310THRTHRVALVAL(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC161 - 177176 - 192
311ALAALAALAALA(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC179 - 191194 - 206
312HISHISILEILE(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC193 - 206208 - 221
313GLUGLUSERSER(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC208 - 211223 - 226
314LEULEUALAALA(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC213 - 326228 - 341
315SERSERGLUGLU(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC328 - 334343 - 349
316VALVALALAALA(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC336 - 378351 - 393
317PHEPHETYRTYR(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC380 - 392395 - 407
318ALAALASERSER(chain C and (resid 2 through 23 or resid 25...CC394 - 439409 - 454

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 51882.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) marine metagenome (メタゲノム) / 参照: beta-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Na-HEPES, 2M AmmSO4, 2% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.00238 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00238 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.797 Å / Num. obs: 292649 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.586 % / Biso Wilson estimate: 18.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.31 / Num. measured all: 3976013 / Scaling rejects: 133
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.5413.7052.3821.05215540.2992.474100
1.54-1.5813.5732.0831.24210610.3982.164100
1.58-1.6313.2461.7011.57205000.5141.77100
1.63-1.6812.691.4911.82198490.5921.554100
1.68-1.7313.9631.2182.45192590.7351.264100
1.73-1.7913.8730.9423.26186320.8330.979100
1.79-1.8613.630.6834.56180230.9140.71100
1.86-1.9413.2570.5255.89172980.9450.546100
1.94-2.0213.0240.3588.29166270.9730.373100
2.02-2.1214.1790.27511159150.9850.285100
2.12-2.2414.0730.20714.1150860.9910.215100
2.24-2.3713.9070.16616.96143230.9940.172100
2.37-2.5412.8160.13319.61134410.9950.138100
2.54-2.7414.3680.10924.59125380.9970.113100
2.74-314.2790.08830.02115600.9980.091100
3-3.3513.8060.06638.08104440.9990.069100
3.35-3.8712.610.04946.4292200.9990.051100
3.87-4.7414.1110.04156.3778640.9990.043100
4.74-6.7113.3230.04253.3560580.9990.044100
6.71-48.79713.4360.03460.54339710.03699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.49 Å48.96 Å
Translation7.49 Å48.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALE30-Sep-2016データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS30-Sep-2016データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OD0

1od0


解像度: 1.5→48.797 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 14633 5 %
Rwork0.1502 --
obs0.1513 292645 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.91 Å2 / Biso mean: 25.9104 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→48.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10557 0 377 859 11793
Biso mean--58.64 31.43 -
残基数----1314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83315399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9014138
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7731X-RAY DIFFRACTION6.293TORSIONAL
12B7731X-RAY DIFFRACTION6.293TORSIONAL
13C7731X-RAY DIFFRACTION6.293TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.5170.29594840.284591989682
1.517-1.53490.31594870.280992399726
1.5349-1.55360.29764880.273492759763
1.5536-1.57330.29574840.257191989682
1.5733-1.5940.26984850.244192219706
1.594-1.61580.24084890.225492959784
1.6158-1.63890.2424850.214492139698
1.6389-1.66340.25554880.213992739761
1.6634-1.68930.24244840.202691969680
1.6893-1.7170.22364860.187392369722
1.717-1.74670.21434890.175792909779
1.7467-1.77840.19964860.166592209706
1.7784-1.81260.20444860.159792469732
1.8126-1.84960.18824870.151392489735
1.8496-1.88980.18024850.139692249709
1.8898-1.93380.17374880.133192689756
1.9338-1.98220.16394860.125792219707
1.9822-2.03580.15074890.121693099798
2.0358-2.09570.14944860.125192199705
2.0957-2.16330.15124890.122792969785
2.1633-2.24060.15454870.120692469733
2.2406-2.33030.14044870.120592679754
2.3303-2.43640.14574880.120992759763
2.4364-2.56480.14564900.126292989788
2.5648-2.72550.15954890.13392909779
2.7255-2.93590.15964890.142992939782
2.9359-3.23130.17174890.151592949783
3.2313-3.69880.16474910.150293289819
3.6988-4.65950.13874920.134393569848
4.6595-48.82330.17965000.170494809980

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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