+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ns3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structures of Cy5 cyanine fluorophores stacked onto the end of double-stranded RNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA / Cy5 / fluorophore | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y.J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Cyanine Fluorophores Stacked onto the End of Double-Stranded RNA. 著者: Liu, Y. / Lilley, D.M.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20475.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rplE, rpl5 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 10995.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.3 M Magnesium formate dehydrate 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 50mM KF |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 94 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.987→47.52 Å / Num. all: 278257 / Num. obs: 42321 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49.61 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.07599 / Rrim(I) all: 0.08279 / Net I/σ(I): 15.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.987→2.058 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique all: 26351 / Num. unique obs: 4055 / CC1/2: 0.561 / Rrim(I) all: 1.386 / % possible all: 97 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→47.521 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.57 Å2 / Biso mean: 35.2941 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→47.521 Å
|