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- PDB-5nrh: Crystal structure of Burkholderia pseudomallei D-alanine-D-alanin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nrh
タイトルCrystal structure of Burkholderia pseudomallei D-alanine-D-alanine ligase in complex with AMP
要素D-alanine--D-alanine ligase
キーワードLIGASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Diaz-Saez, L. / Hunter, W.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Defence Sciecne and Technology Laboratory 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Burkholderia pseudomallei d-alanine-d-alanine ligase; detailed characterisation and assessment of a potential antibiotic drug target.
著者: Diaz-Saez, L. / Torrie, L.S. / McElroy, S.P. / Gray, D. / Hunter, W.N.
履歴
登録2017年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase
B: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,85510
ポリマ－66,7582
非ポリマー1,0978
水14,142785
1
A: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0337
ポリマ－33,3791
非ポリマー6546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8223
ポリマ－33,3791
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.648, 61.150, 70.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 311 / Label seq-ID: 4 - 311

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase


分子量: 33378.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: ddl, BURPS1106A_3548 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A3NZL3, UniProt: Q63QJ9*PLUS, D-alanine-D-alanine ligase

-
非ポリマー , 5種, 793分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.05 to 0.3 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 and 15-30% (w/v) PEG 3350, ratio protein:reservoir 1:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→70.08 Å / Num. obs: 141049 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: See publication

解像度: 1.3→70.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.286 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19007 7097 5 %RANDOM
Rwork0.14591 ---
obs0.14825 133936 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.763 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å21.52 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→70.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4672 0 69 785 5526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0195124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2471.9896976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4443.00311383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7115648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.34123.348233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80215859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5231545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1840.2789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7262.2252518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7162.2222517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5813.3573154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5833.3593155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3852.4252606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3862.4252607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2533.5433807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.27728.8855971
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.27628.8875972
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.711310032
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.4265497
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.534510205
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18826 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 482 -
Rwork0.232 9734 -
obs--95.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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