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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nrg | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphylococcus aureus in complex with RB02 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / RNA / antibiotics / lincosamides | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation ...ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.442 Å | ||||||
データ登録者 | Yonath, A. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Ben Hamou, R. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Fridman, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Structural insights of lincosamides targeting the ribosome of Staphylococcus aureus. 著者: Matzov, D. / Eyal, Z. / Benhamou, R.I. / Shalev-Benami, M. / Halfon, Y. / Krupkin, M. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Fridman, M. / Yonath, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nrg.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nrg.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nrg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nrg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#1: RNA鎖 | 分子量: 946687.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
+50S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 ABCDEGHIJKLMNOPQRSTVWZ23
-非ポリマー , 6種, 299分子
#27: 化合物 | ChemComp-95H / ~{ | ||||||||
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#28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-MN / #30: 化合物 | ChemComp-MG / #31: 化合物 | ChemComp-EPE / | #32: 化合物 | ChemComp-SPD / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.3 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1:2 MPD: EtOH, Hepes pH=7.6 10mM, Mg2Cl 10mM, KCl 60mM, NH4Cl 15mM PH範囲: 7.0-7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.971 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.971 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.442→50 Å / Num. obs: 254888 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.196 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WCE 解像度: 3.442→49.369 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.78
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 325.9 Å2 / Biso min: 25.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.442→49.369 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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