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万見
- PDB-5nqk: human 199.16 TCR in complex with Melan-A/MART-1 (26-35) peptide a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqk
タイトルhuman 199.16 TCR in complex with Melan-A/MART-1 (26-35) peptide and HLA-A2
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Melanoma antigen recognized by T-cells 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Melan-A/MART-1 PEPTIDE / DECAPEPTIDE / MHC CLASS I / HLA-A2 / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


melanosome membrane / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex ...melanosome membrane / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / immune system process / detection of bacterium / T cell receptor binding / endomembrane system / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / trans-Golgi network / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / melanosome / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell differentiation in thymus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Protein melan-A / Protein melan-A / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Protein melan-A / Protein melan-A / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta variable 19 / T cell receptor alpha variable 12-2 / T cell receptor alpha joining 45 / TRB protein / : / T cell receptor beta variable 19 / T cell receptor alpha chain constant / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Melanoma antigen recognized by T-cells 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Exertier, C. / Reiser, J.-B. / Lantez, V. / Chouquet, A. / Bonneville, M. / Saulquin, X. / Housset, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: human 199.16 TCR in complex with Melan-A/MART-1 (26-35) peptide and HLA-A2
著者: Exertier, C. / Reiser, J.-B. / Housset, D.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
P: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
A: T-cell receptor alpha variable 12-2,T-cell receptor alpha joining 45,T-cell receptor alpha chain C region
B: T-cell receptor beta variable 19,TRB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2506
ポリマ－96,2275
非ポリマー231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area37740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.180, 49.720, 95.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31979.367 Da / 分子数: 1 / 変異: A245V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): X90F LAQQ1 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): X90F LAQQ1 / 参照: UniProt: P61769

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T-cell receptor ... , 2種, 2分子 AB

#4: タンパク質 T-cell receptor alpha variable 12-2,T-cell receptor alpha joining 45,T-cell receptor alpha chain C region / 199.54 TCR ALPHA CHAIN (TRAJ 12-2 / TRAJ 45) / T-CELL RECEPTOR / 199.54 TCR ALPHA CHAIN (TRAJ 12-2 / TRAJ 45)


分子量: 23090.320 Da / 分子数: 1 / 変異: T158C,T158C,T158C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NUMBERING: RESIDUE 1 MATCH FIRST RESIDUE OF TRAV 12-2 DEFINED IN IMGT. ADDITIONAL SEQUENCE IN C-TER (ENDGGGCK) TO ENHANCE ALPHA-BETA CHAIN PAIRING.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV12-2, TRAJ45, TRAC / プラスミド: pJEXPRESS414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL
参照: UniProt: A0A075B6T6, UniProt: A0A075B6X0, UniProt: A0A1B0GUM0, UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質 T-cell receptor beta variable 19,TRB protein / V_SEGMENT TRANSLATION PRODUCT / 199.16 TCR BETA CHAIN (TRBV 19 / TRBD2 / TRBJ 2-2 / TRBC2) / 199.16 ...V_SEGMENT TRANSLATION PRODUCT / 199.16 TCR BETA CHAIN (TRBV 19 / TRBD2 / TRBJ 2-2 / TRBC2) / 199.16 TCR BETA CHAIN (TRBV 19 / TRBD2 / TRBJ 2-2 / TRBC2)


分子量: 28292.430 Da / 分子数: 1 / 変異: S171C,S171C,S171C,S171C,S171C,S171C,S171C,S171C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NUMBERING: RESIDUE 1 MATCH FIRST RESIDUE OF TRBV 19 DEFINED IN IMGT. ADDITIONAL SEQUENCE IN C-TER (DQDRGGGCD) TO ENHANCE ALPHA-BETA CHAIN PAIRING.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCRBV17S1A1T, TRBV19, TRB / プラスミド: pJEXPRESS414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL
参照: UniProt: A0A5B3, UniProt: A0A0C4ZKA8, UniProt: A0A075B6N1*PLUS

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 2分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Melanoma antigen recognized by T-cells 1 / MART-1 / ANTIGEN LB39-AA / ANTIGEN SK29-AA / PROTEIN MELAN-A / MELAN-A/MART-1 (26-35) DECAPEPTIDE


分子量: 985.176 Da / 分子数: 1 / 変異: A27L / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16655*PLUS
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 11%, bis-tris propane pH 6.5 0.1M, KNa tartrate 0.1M

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月12日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→48.53 Å / Num. obs: 16830 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 6.28
反射 シェル解像度: 3.25→3.33 Å / 冗長度: 3.43 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1236 / CC1/2: 0.523 / Rsym value: 1.611 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSVERSION Nov 1, 2016 BUILT=20161205データ削減
XSCALEVERSION Nov 1, 2016 BUILT=20161205データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NHT

5nht


解像度: 3.25→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 50.604 / SU ML: 0.742 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.759 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31617 722 5 %RANDOM
Rwork0.22357 ---
obs0.22803 13863 85.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 109.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.71 Å20 Å2-5.34 Å2
2--9.62 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.25→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6603 0 1 0 6604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9299202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.926313735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8045819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35524350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.28151095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4361546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.22711.1143292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.22711.1163293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.8316.6564107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.82916.6564107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.29911.373490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.29911.3683488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.46516.9415095
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.6517326
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.657327
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.248→3.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 37 -
Rwork0.483 768 -
obs--64.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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