PDB-5nqh: Structure of the human Fe65-PTB2 homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nqh

タイトル

Structure of the human Fe65-PTB2 homodimer

要素

Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Alzheimers disease / phosphotyrosine-binding (PTB) domain / homodimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / proline-rich region binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / smooth muscle contraction / axonogenesis / positive regulation of protein secretion / positive regulation of neuron projection development / lamellipodium / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Feilen, L.P. / Haubrich, K. / Sinning, I. / Konietzko, U. / Kins, S. / Simon, B. / Wild, K.

引用

ジャーナル: Front Mol Neurosci / 年: 2017
タイトル: Fe65-PTB2 Dimerization Mimics Fe65-APP Interaction.
著者: Feilen, L.P. / Haubrich, K. / Strecker, P. / Probst, S. / Eggert, S. / Stier, G. / Sinning, I. / Konietzko, U. / Kins, S. / Simon, B. / Wild, K.

履歴

登録	2017年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nqh.cif.gz	210.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nqh.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/5nqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/5nqh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3dxcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mr0-2 2ovx-d 3sna-d 2z3d-d 3mal-d 2z9g-d 2ow0-d 4ydb-2 3tit-d 4twy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

C: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

D: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

62.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

C: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration, NMR (PRE)
31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

D: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.578, 104.279, 60.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1 / Protein Fe65 分子量: 15459.690 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APBB1, FE65, RIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00213
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.08 M sodium acetate, 1.6 M ammonium sulfate, 20 % (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.44 Å / Num. obs: 19955 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.04 Å² / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3dxc

3dxc

解像度: 2.6→49.44 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	1016	5.1 %
R_work	0.1927	-	-
obs	0.1952	19931	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.03 Å² / B_iso mean: 50.7225 Å² / B_iso min: 16.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→49.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3832	0	60	78	3970
B_iso mean	-	-	76.53	44.41	-
残基数	-	-	-	-	501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.583	5397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.511	2336

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.7371	0.3948	120	0.3006	2703	2823	98
2.7371-2.9086	0.2814	144	0.2518	2670	2814	99
2.9086-3.1331	0.2653	141	0.2276	2710	2851	99
3.1331-3.4483	0.2312	135	0.2102	2700	2835	99
3.4483-3.9471	0.2344	164	0.1783	2695	2859	100
3.9471-4.9722	0.2156	152	0.1478	2714	2866	99
4.9722-49.4487	0.2176	160	0.1766	2723	2883	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6112	-0.012	-0.5404	1.9253	-0.5343	2.7512	0.0213	-0.7358	-0.4523	0.2336	-0.0901	0.1802	0.3193	-0.4996	0.0722	0.2742	-0.0606	0.0173	0.4368	-0.0114	0.2553	-25.1228	-2.6807	-7.7178
2	2.1568	-2.3843	-1.2341	3.5831	0.0009	5.7	0.273	-0.6877	-0.0349	0.1979	-0.0612	-0.2768	0.1144	0.3742	-0.1526	0.4006	-0.1041	-0.03	0.6439	0.0216	0.3867	-22.3523	-0.4405	2.1714
3	8.2533	1.1431	4.4776	8.6504	-2.1836	3.3777	0.55	-2.1058	0.2245	1.8281	-0.0693	-0.7558	-0.9097	-2.0899	-0.4599	0.5143	0.0017	-0.0444	0.8522	-0.2079	0.5188	-33.7868	7.0249	0.6691
4	7.8497	-2.1245	1.79	6.0384	0.8237	4.0866	-0.0476	-0.1981	0.3836	-0.1081	0.0205	-0.1264	0.0305	0.3311	0.0344	0.1819	-0.0417	-0.0183	0.2291	-0.0095	0.284	-28.439	-1.4949	-9.4316
5	9.9176	-5.7117	6.5505	4.8824	-4.7831	4.8573	0.1157	-0.1986	-0.5013	-0.1374	0.0232	-0.0883	0.0386	-0.0235	-0.1749	0.3108	-0.0067	0.0013	0.3109	0.0228	0.291	-45.4309	-1.33	-15.6401
6	6.211	0.4537	-0.8073	3.1269	1.3047	3.3438	0.1989	-0.7729	-0.0926	0.2669	0.1625	-0.3169	-0.3227	0.1051	-0.3723	0.2199	-0.0637	0.0282	0.244	0.013	0.2601	-60.8747	8.0947	-4.103
7	5.163	0.2144	1.7956	5.3723	2.8314	3.2225	0.0265	0.2134	-0.0366	-0.1664	-0.1189	0.5433	-0.3244	-0.7837	0.182	0.3013	-0.0398	0.1293	0.3906	0.0524	0.2667	-65.4814	6.1274	-13.4509
8	5.2424	-5.3599	-0.6446	5.5112	1.1752	4.4853	-0.3664	0.5265	0.8434	1.2806	0.068	-0.6914	-0.8599	-0.072	0.2802	0.5522	0.0905	0.0507	0.3939	0.1129	0.3645	-62.1622	6.77	3.0595
9	3.7221	-0.6681	-0.5759	3.7337	-0.0202	4.0969	0.0472	-0.0149	-0.1877	-0.1743	-0.0368	0.194	0.1321	0.1018	-0.0263	0.1552	0.0009	-0.004	0.2368	-0.0155	0.2339	-59.737	1.8204	-9.822
10	6.1097	4.7306	0.7715	4.8932	1.6144	3.8797	0.6937	-0.4565	-0.7399	0.7525	0.7369	1.1639	1.4037	-1.5687	-0.8937	0.4633	0.0066	-0.0029	0.4866	0.0769	0.4063	-67.6169	-11.5183	-10.8826
11	3.0487	0.4137	-0.0019	4.2063	0.7363	4.1886	-0.0188	0.1598	0.2946	-0.0448	0.1044	-0.1728	-0.2184	0.3241	-0.049	0.2184	0.0075	0.0533	0.2169	-0.0251	0.246	-56.4951	6.4985	-9.3779
12	7.9549	-1.4696	5.5013	3.7825	0.1917	5.8919	0.2458	-0.9221	-3.1804	0.3515	0.4583	-0.1089	0.874	0.2002	-0.4055	0.5766	-0.0134	0.231	0.7201	0.0453	0.9744	-45.2706	-11.3015	-5.1524
13	3.8453	-2.1176	-1.501	4.8067	0.4932	4.2001	-0.6384	-0.0871	0.4689	-0.7248	0.8544	0.1426	0.3306	0.5546	-0.0411	0.3919	-0.0861	-0.0276	0.3838	0.052	0.3097	-41.0875	3.5876	-38.0362
14	7.0346	1.0724	0.7442	4.0831	0.0016	6.6992	-0.2897	0.2248	-0.7077	0.4179	0.1111	-0.0418	1.212	0.0799	0.0447	0.5178	-0.04	0.1398	0.1865	-0.0481	0.3637	-48.854	-7.265	-27.7992
15	7.9332	-1.5144	-3.0174	3.6979	-1.9782	3.5864	0.0734	0.5902	-0.9607	-2.0181	-1.2211	-1.3562	1.9154	2.8649	1.2301	1.0162	0.3703	0.1453	1.368	0.4007	0.6354	-31.9224	-7.3481	-33.0837
16	7.0285	-4.737	-1.2747	3.5884	0.6217	6.5197	-0.308	0.4518	0.5949	0.4237	0.1274	-0.7036	0.0361	1.1029	0.2163	0.2819	0.0338	-0.0278	0.5388	0.0846	0.3278	-39.3975	4.7521	-43.7799
17	8.0204	-2.1992	-0.2967	2.4225	0.5462	0.2235	0.0637	0.9184	-0.2368	-0.3128	-0.128	0.357	0.3491	-0.317	-0.0539	0.2297	0.0025	-0.0583	0.249	-0.0363	0.2731	-51.2606	2.1157	-39.3873
18	6.7228	2.9767	-1.2664	6.4428	-1.4399	5.2815	-0.4679	0.1587	-0.0853	-0.4979	-0.1893	0.0852	0.4973	0.3105	0.5117	0.3388	0.1523	0.0454	0.3313	-0.044	0.2715	-45.8376	-0.6594	-31.9888
19	2.126	-4.0969	0.8804	8.0604	-0.6061	6.93	0.852	0.4051	0.3469	-0.712	-0.8053	0.5489	-0.4872	-0.4571	0.0103	0.396	0.0717	0.0022	0.5319	-0.0212	0.3114	-55.1738	12.3686	-36.2132
20	2.8838	-1.5647	0.7805	3.0431	-0.6411	0.9173	-0.4255	-0.0519	-0.158	-0.1024	0.0151	0.4368	0.1218	0.5557	0.6082	0.6561	0.0274	0.0841	0.3057	-0.0796	0.4393	-57.2496	31.0466	-34.0433
21	4.8814	1.8914	2.3839	7.1817	-1.5142	2.0726	-0.1896	-0.1871	0.3043	1.0397	0.3944	1.2862	-0.4115	-1.2357	-0.2819	0.587	0.1012	0.2093	0.4008	0.1628	0.6482	-69.9094	32.9127	-22.7603
22	8.0261	4.3553	2.6348	6.7542	6.7203	7.273	-0.6782	-1.8029	1.1294	1.7424	-1.2863	0.2452	-0.476	-0.3539	0.8251	0.7636	-0.175	-0.3916	0.4878	0.1187	0.7528	-63.4195	44.8466	-30.9934
23	7.0156	-3.4738	3.3492	2.9935	0.2562	4.4944	0.012	0.8518	0.0596	-1.1542	-0.4265	-0.8318	0.0854	0.8557	0.3859	0.4076	0.0701	0.0753	0.4044	0.0291	0.4229	-51.3479	31.2233	-34.8924
24	0.1804	0.2069	0.1709	6.7322	-3.4293	5.8135	-0.1952	-0.0598	-0.1589	0.7151	0.1931	0.6951	-0.873	0.297	0.0697	0.4038	-0.1091	0.0065	0.3035	0.0029	0.394	-61.0021	26.9981	-27.3203
25	3.9006	-2.8932	-2.6516	8.7139	-1.2894	3.4396	-0.1185	0.0188	-0.2317	0.4076	0.2741	0.6887	0.2832	-0.1147	-0.1678	0.3212	-0.0385	-0.0074	0.2647	0.052	0.3466	-62.5907	27.0711	-29.3157
26	2.8698	2.838	-0.5921	3.4818	-2.5563	7.3886	-0.0919	0.0369	-0.5028	0.1032	0.1584	-0.1421	0.1302	0.233	-0.1043	0.2508	0.072	0.0357	0.3626	-0.0672	0.3422	-53.3917	2.6254	-20.3256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 539 through 570 )	A	539 - 570
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 571 through 585 )	A	571 - 585
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 586 through 599 )	A	586 - 599
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 600 through 643 )	A	600 - 643
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 644 through 665 )	A	644 - 665
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 539 through 552 )	B	539 - 552
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 553 through 585 )	B	553 - 585
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 586 through 599 )	B	586 - 599
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 600 through 626 )	B	600 - 626
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 627 through 631 )	B	627 - 631
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 632 through 655 )	B	632 - 655
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 656 through 666 )	B	656 - 666
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 539 through 552 )	C	539 - 552
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 553 through 571 )	C	553 - 571
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 572 through 578 )	C	572 - 578
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 579 through 599 )	C	579 - 599
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 600 through 614 )	C	600 - 614
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 615 through 643 )	C	615 - 643
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 644 through 663 )	C	644 - 663
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 539 through 552 )	D	539 - 552
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 553 through 570 )	D	553 - 570
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 571 through 578 )	D	571 - 578
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 579 through 599 )	D	579 - 599
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 600 through 619 )	D	600 - 619
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 620 through 655 )	D	620 - 655
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 656 through 666 )	D	656 - 666

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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