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- PDB-5nqd: Arsenite oxidase AioAB from Rhizobium sp. str. NT-26 mutant AioBF108A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqd
タイトルArsenite oxidase AioAB from Rhizobium sp. str. NT-26 mutant AioBF108A
要素
  • AroA
  • Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
キーワードOXIDOREDUCTASE / Arsenite oxidase / DMSOR family / Rieske protein
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (azurin) / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #200 / Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #200 / Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Rossmann fold - #740 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / 3-layer Sandwich / Barwin-like endoglucanases / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-MGD / OXYGEN ATOM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster / AroA
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium sp. NT-26 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Santos-Silva, T. / Romao, M. / Vieira, M. / Marques, A.T.
資金援助 ポルトガル, 4件
組織認可番号国
FCTPTDC/BBB-BEP/1185/2014 ポルトガル
FCTUID/Multi/04378/2013 ポルトガル
FCTPTDC/QEQ-MED/1902/2014 ポルトガル
PT2020POCI-01-0145-FEDER-007728 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arsenite oxidase AioAB from Rhizobium sp. str. NT-26 mutant AioBF108A
著者: Santos-Silva, T. / Romao, M. / Vieira, M. / Marques, A.T.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / reflns / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_nonpoly.name / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AroA
B: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
C: AroA
D: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
E: AroA
F: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
G: AroA
H: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,74756
ポリマ－428,7798
非ポリマー10,96748
水26,4461468
1
A: AroA
B: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
E: AroA
F: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,49226
ポリマ－214,3904
非ポリマー5,10222
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24360 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area56630 Å2
手法PISA
2
C: AroA
D: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
G: AroA
H: Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,25530
ポリマ－214,3904
非ポリマー5,86526
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26360 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area56020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.408, 148.665, 232.009
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2250-

HOH

21G-2444-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
AroA / Arsenite oxidase large subunit AioA [3Fe-4S] cluster / Mo-molybdopterin cofactor-binding active site


分子量: 93179.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium sp. NT-26 (バクテリア)
遺伝子: aroA, aioA, NT26_p10030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VAL8, arsenate reductase (azurin)
#2: タンパク質
Arsenite oxidase small subunit AioB Rieske [2Fe-2S] cluster


分子量: 14015.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium sp. NT-26 (バクテリア)
遺伝子: aioB, NT26_p10029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0NMC5, arsenate reductase (azurin)

-
非ポリマー , 12種, 1516分子

#3: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#4: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#11: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#13: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes sodium pH 7-8, 2 % PEG 400, 2 M ammonium sulphate.
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.55 Å / Num. obs: 247069 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 12160 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.524 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4aay

4aay


解像度: 2.2→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.261 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.2125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.18
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 12218 4.9 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1745 234764 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.92 Å2 / Biso mean: 26.045 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30136 0 591 1468 32195
Biso mean--27.4 25.37 -
残基数----3900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01931423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0228821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9221.96242656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.046366237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08853892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.924.3981528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.893154928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.48415208
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.24493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02136320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027424
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 851 -
Rwork0.272 17311 -
all-18162 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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