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万見
- PDB-5nq4: Cytotoxin-1 in DPC-micelle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nq4
タイトルCytotoxin-1 in DPC-micelle
要素Cytotoxin 1
キーワードTOXIN / cytolytic peptide / cobra venom / cytotoxyc activity / three-finger protein
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja oxiana (コブラ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dubovskii, P.V. / Dubinnyi, M.A. / Volynsky, P.E. / Pustovalova, Y.E. / Konshina, A.G. / Utkin, Y.N. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S.
引用
ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 2018
タイトル: Impact of membrane partitioning on the spatial structure of an S-type cobra cytotoxin.
著者: Dubovskii, P.V. / Dubinnyi, M.A. / Volynsky, P.E. / Pustovalova, Y.E. / Konshina, A.G. / Utkin, Y.N. / Arseniev, A.S. / Efremov, R.G.
#1: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2005
タイトル: Interaction of three-finger toxins with phospholipid membranes: comparison of S- and P-type cytotoxins.
著者: Dubovskii, P.V. / Lesovoy, D.M. / Dubinnyi, M.A. / Konshina, A.G. / Utkin, Y.N. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年2月21日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
改定 2.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8311
ポリマ－6,8311
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: the toxin molecule is a monomer under conditions chosen, approximately 60 molecules of detergent
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4280 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxin 1 / Cytotoxin I / CTI


分子量: 6831.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja oxiana (コブラ) / 発現宿主: Naja oxiana (コブラ) / 参照: UniProt: P01451
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D DQF-COSY
141isotropic2diffusion
252isotropic12D 1H-1H NOESY
262isotropic12D 1H-1H TOCSY
272isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution13.0 mM no cytotoxin-1, 180.0 mM fully deuterated dodecylphosphocholine, 50 mM no potassium chloride, 50 M no H2O, 5.5 M 99.9%-deuterated D2O, 0.01 uM no HCl, 90% H2O/10% D2Ocytoxin-1 in deuterated dodecylphosphocholine (DPC)condition_190% H2O/10% D2O
solution23.0 mM no cytotoxin-1, 180.0 mM fully deuterated dodecylphosphocholine, 50 mM no potassium chloride, 55 M 100%-deuterated D2O, 0.01 uM no HCl, 100% D2Osame as at condition_1, but in D2Ocondition_2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3.0 mMcytotoxin-1no1
180.0 mMdodecylphosphocholinefully deuterated1
50 mMpotassium chlorideno1
50 MH2Ono1
5.5 MD2O99.9%-deuterated1
0.01 uMHClno1
3.0 mMcytotoxin-1no2
180.0 mMdodecylphosphocholinefully deuterated2
50 mMpotassium chlorideno2
55 MD2O100%-deuterated2
0.01 uMHClno2
試料状態

イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 0.2 / PH err: 0.1 / 圧: 1 bar / Pressure err: 0.01 / 温度: 323 K / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabelpH
1condition_16
2condition_26.0 pD

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian UNITYVarianUNITY6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Biospincollection
NMRPipe2001.085.20.47Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA1.0.6Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
XEASY1.2.11Bartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: the structures are based on 517 NOE constraints, 160 hudrogen bond and 24 disulfide bond constraints, and 236 constraints for 193 angles
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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