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万見
- PDB-5nq0: Porcine (Sus scrofa) Major Histocompatibility Complex, class I, p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nq0
タイトルPorcine (Sus scrofa) Major Histocompatibility Complex, class I, presenting DFEREGYSL
要素
  • ASP-PHE-GLU-ARG-GLU-GLY-TYR-SER-LEU
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / CD8+ / SLA / Swine
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / helical viral capsid / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / helical viral capsid / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / viral penetration into host nucleus / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / host cell / viral nucleocapsid / immune response / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Tungatt, K. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2018
タイトル: Induction of influenza-specific local CD8 T-cells in the respiratory tract after aerosol delivery of vaccine antigen or virus in the Babraham inbred pig.
著者: Tungatt, K. / Dolton, G. / Morgan, S.B. / Attaf, M. / Fuller, A. / Whalley, T. / Hemmink, J.D. / Porter, E. / Szomolay, B. / Montoya, M. / Hammond, J.A. / Miles, J.J. / Cole, D.K. / Townsend, ...著者: Tungatt, K. / Dolton, G. / Morgan, S.B. / Attaf, M. / Fuller, A. / Whalley, T. / Hemmink, J.D. / Porter, E. / Szomolay, B. / Montoya, M. / Hammond, J.A. / Miles, J.J. / Cole, D.K. / Townsend, A. / Bailey, M. / Rizkallah, P.J. / Charleston, B. / Tchilian, E. / Sewell, A.K.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ASP-PHE-GLU-ARG-GLU-GLY-TYR-SER-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56720
ポリマ－44,2263
非ポリマー1,34117
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.616, 46.340, 66.735
Angle α, β, γ (deg.)104.36, 101.21, 102.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31546.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PJV3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11563.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド ASP-PHE-GLU-ARG-GLU-GLY-TYR-SER-LEU


分子量: 1116.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9Q0U8*PLUS

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非ポリマー , 4種, 555分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PACT screen, condition A09: 0.2 M LiCl, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.0, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→39.28 Å / Num. obs: 170825 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 11419 / CC1/2: 0.596 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ3

3qq3


解像度: 1.1→39.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.688 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20852 8412 5 %RANDOM
Rwork0.18903 ---
obs0.18999 161372 91.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å2-0.25 Å2-0.14 Å2
2--0.06 Å20.02 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3117 0 82 538 3737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1271.9494896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06437365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2115443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14523.598189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64615596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6450.6581694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6450.6581693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0760.9812163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0750.9812164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0450.7981905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.040.7951889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5951.1462710
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.82310.2464152
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.5768.7713997
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 576 -
Rwork0.387 10484 -
obs--80.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2097-0.3444-0.23581.02450.02270.58860.04180.03010.0364-0.0275-0.0388-0.0118-0.0370.0274-0.0030.0043-0.0021-0.00720.00730.01730.07216.903747.823122.2385
20.69250.1160.3281.9694-1.67213.76260.0278-0.1615-0.02060.3059-0.0891-0.1227-0.13070.17680.06120.1384-0.0309-0.00210.12570.02040.1135-2.78239.526155.9477
32.64240.2602-0.86190.9664-0.1631.4620.0045-0.1526-0.10760.1278-0.03080.06960.0514-0.07920.02620.0233-0.0119-0.00420.02580.01890.0936-11.144933.12236.431
40.584-0.07160.2770.0153-0.03940.1464-0.01390.19070.10220.0365-0.0305-0.0435-0.06440.06130.04440.35280.00720.0160.2210.01620.3927-4.210937.35828.6063
500000000000000-00.1091000.109100.1091000
60.81340.9409-0.09951.3168-0.57351.456-0.0150.0199-0.00790.02550.01820.06750.06320.0727-0.00320.1240.0121-0.02340.10850.00030.1579-6.79340.425329.3844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 6
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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