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- PDB-5npl: Crystal structure of hexameric CBS-CP12 protein from bloom-formin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npl
タイトルCrystal structure of hexameric CBS-CP12 protein from bloom-forming cyanobacteria, Yb-derivative at 2.8 A resolution
要素Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cystathionine beta synthase domain / fusion protein / redox-regulation of photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


CP12 domain / CP12 domain / CP12 / : / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DO3 / YTTERBIUM (III) ION / Similar to tr
類似検索 - 構成要素
生物種Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Hackenberg, C. / Hakanpaa, J. / Antonyuk, S.V. / Dittmann, E. / Lamzin, V.S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional insights into the unique CBS-CP12 fusion protein family in cyanobacteria.
著者: Hackenberg, C. / Hakanpaa, J. / Cai, F. / Antonyuk, S. / Eigner, C. / Meissner, S. / Laitaoja, M. / Janis, J. / Kerfeld, C.A. / Dittmann, E. / Lamzin, V.S.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
B: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
C: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,21422
ポリマ－69,4643
非ポリマー3,75119
水91951
1
A: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
B: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
C: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
ヘテロ分子

A: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
B: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
C: Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,42944
ポリマ－138,9276
非ポリマー7,50138
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area24130 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area49960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.890, 120.734, 117.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3 - 178
2010B3 - 178
1020A2 - 178
2020C2 - 178
1030B3 - 178
2030C3 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Similar to tr|Q8YYT1|Q8YYT1


分子量: 23154.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
遺伝子: IPF_2164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: A8YJ50
#2: 化合物
ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物 ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID


分子量: 404.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N4O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Un-modelled atoms are due to lack of electron density support.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 300 MM NA ACETATE, 20% PEG2000 MME, REMARK 280 100 MM HEPES BUFFER, PH 8.0; before data collection crystals were soaked for 30 min in a solution containing 25% PEG2000MME, 0.2 M sodium ...詳細: 300 MM NA ACETATE, 20% PEG2000 MME, REMARK 280 100 MM HEPES BUFFER, PH 8.0; before data collection crystals were soaked for 30 min in a solution containing 25% PEG2000MME, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M HEPES, pH 8.0 and 0.1 M Yb-HPDO3A

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.385 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.385 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→66 Å / Num. obs: 13464 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 51.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 61.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.79→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 25.935 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21948 677 4.9 %RANDOM
Rwork0.18593 ---
obs0.18764 13151 95.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.23 Å20 Å20 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3----7.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 73 51 4244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.9825744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02739688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5955534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.8324.035171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.40415746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3641532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1393.842145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1393.8382144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6625.7472676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6615.7492677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2584.1772097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2574.1762095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8686.1373068
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.24745.6954436
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.24545.6974436
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A104700.05
12B104700.05
21A105480.05
22C105480.05
31B104420.06
32C104420.06
LS精密化 シェル解像度: 2.792→2.858 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 33 -
Rwork0.333 659 -
obs--70.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1284-0.42251.06980.7774-0.8491.69460.0079-0.00870.00530.1110.01460.0698-0.1169-0.0614-0.02250.02570.00470.00960.075-0.02510.2235-3.615-27.087-17.071
20.6994-0.15330.8780.7172-0.59611.50180.0492-0.02720.01120.12120.02850.09960.0122-0.0991-0.07770.0354-0.01260.03050.0657-0.01220.231-16.469-40.227-17.56
32.0549-0.61530.78710.6248-0.16511.3266-0.1034-0.01060.08570.07030.0094-0.00570.2277-0.04910.0940.077-0.0124-0.00090.00470.01710.1666-1.785-61.003-20.612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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