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万見
- PDB-5npd: Crystal Structure of D412N nucleophile mutant cjAgd31B (alpha-tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npd
タイトルCrystal Structure of D412N nucleophile mutant cjAgd31B (alpha-transglucosylase from Glycoside Hydrolase Family 31) in complex with alpha Cyclophellitol Aziridine probe CF021
要素Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain ...: / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94B / OXALATE ION / Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wu, L. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2017
タイトル: 1,6-Cyclophellitol Cyclosulfates: A New Class of Irreversible Glycosidase Inhibitor.
著者: Artola, M. / Wu, L. / Ferraz, M.J. / Kuo, C.L. / Raich, L. / Breen, I.Z. / Offen, W.A. / Codee, J.D.C. / van der Marel, G.A. / Rovira, C. / Aerts, J.M.F.G. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2017年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,96317
ポリマ－94,4611
非ポリマー1,50216
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, one symmetrical peak containing protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.312, 197.312, 102.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / Alpha-glucosidase 31B / CJAgd31B


分子量: 94460.523 Da / 分子数: 1 / 変異: D412N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア)
遺伝子: agd31B, CJA_3248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B3PEE6, oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase

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非ポリマー , 6種, 508分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-94B / (1~{S},2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol / (1S,6S)-3β,4α,5β-トリヒドロキシ-7-アザビシクロ[4.1.0]ヘプタン-2α-メタノ-ル


分子量: 175.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO4
#6: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES (PH 7.0), 2% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.39 Å / Num. obs: 85623 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 1.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4474 / CC1/2: 0.899 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4b9y

4b9y


解像度: 1.95→47.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.356 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20994 4331 5.1 %RANDOM
Rwork0.17095 ---
obs0.17291 81290 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å2-0.89 Å2-0 Å2
2---1.78 Å2-0 Å2
3---5.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→47.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6236 0 90 492 6818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9598843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.991313634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7575790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76323.778315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.792151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5791542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3473.4883145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3463.4873144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2735.2183937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2735.2183938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3183.8883379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3183.8863375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1735.6644897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5940.0287235
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.58940.037236
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 296 -
Rwork0.298 5930 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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