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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5np4 | |||||||||
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タイトル | Beta domain of human transcobalamin bound to cyanocobalamin | |||||||||
要素 | Transcobalamin-2 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / transcobalamin / TC-beta / vitamin B12 / cyanocobalamin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / lysosomal lumen / external side of plasma membrane / extracellular space ...Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / lysosomal lumen / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.434 Å | |||||||||
データ登録者 | Bloch, J.S. / Locher, K.P. | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017 タイトル: Structure of the human transcobalamin beta domain in four distinct states. 著者: Bloch, J.S. / Ruetz, M. / Krautler, B. / Locher, K.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5np4.cif.gz | 93.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5np4.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5np4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5np4_validation.pdf.gz | 450.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5np4_full_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5np4_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5np4_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/5np4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/5np4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11969.556 Da / 分子数: 1 断片: cyanocobalamin-bound beta domain, UNP residues 325-427 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20062 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-CNC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.15 M Mg formate dihydrate, 22.5% w/v polyethylene glycol 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→30 Å / Num. obs: 257023 / % possible obs: 99.23 % / 冗長度: 9.5 % / Net I/σ(I): 22.25 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.434→41.738 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.434→41.738 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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