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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5no2 | ||||||
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タイトル | RsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly intermediate) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.16 Å | ||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso, J.P. / Kaminishi, T. / Kikuchi, T. / Hirata, Y. / Iturrioz, I. / Dhimole, N. / Schedlbauer, A. / Hase, Y. / Goto, S. / Kurita, D. ...Lopez-Alonso, J.P. / Kaminishi, T. / Kikuchi, T. / Hirata, Y. / Iturrioz, I. / Dhimole, N. / Schedlbauer, A. / Hase, Y. / Goto, S. / Kurita, D. / Muto, A. / Zhou, S. / Naoe, C. / Mills, D.J. / Gil-Carton, D. / Takemoto, C. / Himeno, H. / Fucini, P. / Connell, S.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017 タイトル: RsgA couples the maturation state of the 30S ribosomal decoding center to activation of its GTPase pocket. 著者: Jorge Pedro López-Alonso / Tatsuya Kaminishi / Takeshi Kikuchi / Yuya Hirata / Idoia Iturrioz / Neha Dhimole / Andreas Schedlbauer / Yoichi Hase / Simon Goto / Daisuke Kurita / Akira Muto / ...著者: Jorge Pedro López-Alonso / Tatsuya Kaminishi / Takeshi Kikuchi / Yuya Hirata / Idoia Iturrioz / Neha Dhimole / Andreas Schedlbauer / Yoichi Hase / Simon Goto / Daisuke Kurita / Akira Muto / Shu Zhou / Chieko Naoe / Deryck J Mills / David Gil-Carton / Chie Takemoto / Hyouta Himeno / Paola Fucini / Sean R Connell / 要旨: During 30S ribosomal subunit biogenesis, assembly factors are believed to prevent accumulation of misfolded intermediate states of low free energy that slowly convert into mature 30S subunits, ...During 30S ribosomal subunit biogenesis, assembly factors are believed to prevent accumulation of misfolded intermediate states of low free energy that slowly convert into mature 30S subunits, namely, kinetically trapped particles. Among the assembly factors, the circularly permuted GTPase, RsgA, plays a crucial role in the maturation of the 30S decoding center. Here, directed hydroxyl radical probing and single particle cryo-EM are employed to elucidate RsgA΄s mechanism of action. Our results show that RsgA destabilizes the 30S structure, including late binding r-proteins, providing a structural basis for avoiding kinetically trapped assembly intermediates. Moreover, RsgA exploits its distinct GTPase pocket and specific interactions with the 30S to coordinate GTPase activation with the maturation state of the 30S subunit. This coordination validates the architecture of the decoding center and facilitates the timely release of RsgA to control the progression of 30S biogenesis. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5no2.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5no2.ent.gz | 858.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5no2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 5no2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5no2_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5no2_validation.xml.gz | 91.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5no2_validation.cif.gz | 148.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5no2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5no2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-30S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 DEFGHIJKLMNOPQRST
#2: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 16361.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#4: タンパク質 | 分子量: 12326.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#5: タンパク質 | 分子量: 14543.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#8: タンパク質 | 分子量: 11325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#9: タンパク質 | 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1641.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#12: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#13: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#14: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#16: タンパク質 | 分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AZ
#19: タンパク質 | 分子量: 34850.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: rsgA, engC, yjeQ, b4161, JW4122 / プラスミド: p7XNH3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) 参照: UniProt: P39286, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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#1: RNA鎖 | 分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1108560344 |
-非ポリマー , 3種, 73分子
#20: 化合物 | ChemComp-MG / #21: 化合物 | ChemComp-ZN / | #22: 化合物 | ChemComp-GNP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 30S ribosomal subunit bound by RsgA / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#19 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 101000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 2.3 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 3408 |
画像スキャン | 横: 2048 / 縦: 2048 / 動画フレーム数/画像: 13 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 878976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61908 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 348.57 Å2 / Biso mean: 157.4923 Å2 / Biso min: 29.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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