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- PDB-5no1: Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5no1
タイトルCrystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ407 (compound 5g)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
  • Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / PFV / prototype foamy virus / integrase / strand transfer / INSTI / tetramer intasome / integration / inhibitor / drug
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Chem-XZ4 / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pye, V.E. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Optimization of HIV Integrase Strand Transfer Inhibitors.
著者: Zhao, X.Z. / Smith, S.J. / Maskell, D.P. / Metifiot, M. / Pye, V.E. / Fesen, K. / Marchand, C. / Pommier, Y. / Cherepanov, P. / Hughes, S.H. / Burke, T.R.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,16525
ポリマ－99,9444
非ポリマー2,22121
水1,964109
1
A: Integrase
B: Integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Integrase
B: Integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,33050
ポリマ－199,8878
非ポリマー4,44242
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area33300 Å2
ΔGint-440 kcal/mol
Surface area55530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.570, 158.570, 123.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrase / Pr125Pol


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G217S, S218G = natural variance / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ...参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 130分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-XZ4 / methyl 2-[[3-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methylcarbamoyl]-7-methoxy-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridin-4-yl]amino]ethanoate


分子量: 448.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18F2N4O6
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50 mM Mes-NaOH, 1mM EDTA, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→79.29 Å / Num. obs: 48670 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4760 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BE2

4be2


解像度: 2.6→56.063 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2438 5.01 %Random selection
Rwork0.1765 ---
obs0.1779 48668 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→56.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 732 132 109 5353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7627577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9483136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.65310.34651350.30742644X-RAY DIFFRACTION100
2.6531-2.71080.31921520.28682672X-RAY DIFFRACTION100
2.7108-2.77380.31921410.27272670X-RAY DIFFRACTION100
2.7738-2.84320.30391530.24852683X-RAY DIFFRACTION100
2.8432-2.92010.30731500.23622660X-RAY DIFFRACTION100
2.9201-3.0060.30441170.21942723X-RAY DIFFRACTION100
3.006-3.1030.24621320.21882687X-RAY DIFFRACTION100
3.103-3.21390.24531380.22122702X-RAY DIFFRACTION100
3.2139-3.34260.23561350.18712716X-RAY DIFFRACTION100
3.3426-3.49470.24371550.18482676X-RAY DIFFRACTION100
3.4947-3.67890.20631370.17542718X-RAY DIFFRACTION100
3.6789-3.90930.21711500.18062713X-RAY DIFFRACTION100
3.9093-4.21110.17461570.15252718X-RAY DIFFRACTION100
4.2111-4.63470.16341570.13492728X-RAY DIFFRACTION100
4.6347-5.30490.14691540.14542754X-RAY DIFFRACTION100
5.3049-6.68190.20061300.17092819X-RAY DIFFRACTION100
6.6819-56.0760.18651450.16972947X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88550.514-0.62371.60511.3491.7192-0.03290.0329-0.0185-0.1846-0.2410.5529-0.1011-0.53480.00020.7983-0.0843-0.05750.8604-0.09780.9422-69.807526.3281-57.3086
20.58040.09050.35270.59730.17932.1102-0.0096-0.1909-0.11170.06820.00230.00320.2887-0.038200.6539-0.01990.06220.68260.04310.7082-34.965736.3624-8.515
31.08360.0618-0.64050.39310.22930.5189-0.3251-0.3961-0.0003-0.21620.17060.1441-0.6381-0.40910.00010.7967-0.00110.04670.7631-0.03960.8861-46.419150.8133-2.019
41.1152-0.1013-0.25160.3930.20881.9316-0.1843-0.152-0.18950.02260.07640.1950.6187-0.06150.00020.8388-0.19830.07390.79540.05940.7959-53.701525.3647-26.7599
52.80110.40440.32580.648-0.89152.8228-0.1456-0.3572-0.06470.08570.0988-0.03540.17950.246400.66570.01090.03070.87120.01760.6976-20.051639.208712.9639
60.58730.2180.17060.78580.09260.076-0.192-0.95550.25810.0202-0.4172-0.21810.11780.28510.00040.8744-0.0120.05471.31160.01880.8109-13.824147.154216.4039
71.4425-0.49990.51031.0775-0.81461.2668-0.1917-0.6939-0.37250.45050.29840.24190.196-0.414900.8996-0.03880.11411.08620.07370.823-33.014132.235717.9878
80.03310.04320.08310.03470.07220.05740.08070.1962-0.2119-1.0297-0.8746-0.2650.456-0.3212-0.0011.6325-0.0310.02631.32580.10891.869-29.199417.168828.4172
90.17930.33370.37370.75771.11142.4919-0.0116-0.20360.09470.0256-0.08090.2545-0.3845-0.1286-00.7031-0.03870.03820.72230.00110.8773-43.4759.1848-13.8944
100.85890.5548-0.14050.9304-0.9241.18720.30360.07280.18470.269-0.56630.1804-0.2013-0.27350.00080.8278-0.02890.03190.7523-0.06020.8511-41.729163.415-16.9216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:98)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 99:280)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 281:315)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 316:375)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 116:196)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 197:215)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 216:280)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 281:297)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 1:19)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 1:17)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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