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- PDB-5nmu: Structure of hexameric CBS-CP12 protein from bloom-forming cyanob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nmu
タイトルStructure of hexameric CBS-CP12 protein from bloom-forming cyanobacteria
要素CBS-CP12
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cystathionine beta synthase domain / fusion protein / redox-regulation of photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


CP12 domain / CP12 domain / CP12 / : / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hackenberg, C. / Hakanpaa, J. / Antonyuk, S.V. / Dittmann, E. / Lamzin, V.S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional insights into the unique CBS-CP12 fusion protein family in cyanobacteria.
著者: Hackenberg, C. / Hakanpaa, J. / Cai, F. / Antonyuk, S. / Eigner, C. / Meissner, S. / Laitaoja, M. / Janis, J. / Kerfeld, C.A. / Dittmann, E. / Lamzin, V.S.
履歴
登録2017年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS-CP12
B: CBS-CP12
C: CBS-CP12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6057
ポリマ－69,4643
非ポリマー1424
水3,441191
1
A: CBS-CP12
B: CBS-CP12
C: CBS-CP12
ヘテロ分子

A: CBS-CP12
B: CBS-CP12
C: CBS-CP12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,21114
ポリマ－138,9276
非ポリマー2848
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area21010 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area44680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.607, 124.021, 118.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CBS-CP12


分子量: 23154.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Extra residues are left after TAG cleavage
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
遺伝子: IPF_2164 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: A8YJ50
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: hanging drop
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 300 mM Na Acetate, 25% PEG2000 MME, 100 mM HEPES buffer, pH 8.0, Vapor diffusion, Temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→68.7 Å / Num. obs: 32084 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2725 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.366 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5NPL

5npl


解像度: 2.15→38.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.801 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23419 1643 5.1 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.18105 30438 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å20 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4001 0 4 191 4196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.9725491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01639308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9615516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.71424.121165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8415735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3911530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6063.2822079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6033.2812078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5614.9032590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5614.9052591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9793.4831981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9763.481979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2735.1282901
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.20239.3474433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.18239.1314401
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 124 -
Rwork0.243 2180 -
obs--95.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15380.1410.01440.6656-0.08961.74570.1128-0.03910.08460.0407-0.01430.1014-0.243-0.1877-0.09850.30850.04650.05660.13990.00640.0274-8.854-25.195-23.746
21.6345-0.5750.44680.976-0.36641.18990.0541-0.0185-0.14430.1586-0.01130.18370.0294-0.2374-0.04270.1928-0.02080.01660.19220.02860.0479-15.095-41.791-16.344
30.8429-0.28230.05410.938-0.30351.8919-0.0660.0452-0.27580.096-0.01240.13410.3553-0.00680.07840.2896-0.0422-0.03930.08490.04120.1598-3.123-62.673-21.345
47.03270.28744.77342.045-1.45076.1166-0.11670.0610.03540.17060.1196-0.0523-0.32670.0596-0.00290.2835-0.0689-0.0930.1250.0080.038814.668-40.3874.667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 135
2X-RAY DIFFRACTION1A190 - 191
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 190
4X-RAY DIFFRACTION3C1 - 190
5X-RAY DIFFRACTION4A136 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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