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- PDB-5nmo: Structure of the Bacillus subtilis Smc Joint domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nmo
タイトルStructure of the Bacillus subtilis Smc Joint domain
要素Chromosome partition protein Smc,Chromosome partition protein Smc
キーワードCELL CYCLE / Smc Chromosome Segregation
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / chromosome / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Diebold-Durand, M.-L. / Basquin, J. / Gruber, S.
資金援助1件
組織認可番号
European Research Council Starting260853
引用ジャーナル: Mol. Cell / : 2017
タイトル: Structure of Full-Length SMC and Rearrangements Required for Chromosome Organization.
著者: Diebold-Durand, M.L. / Lee, H. / Ruiz Avila, L.B. / Noh, H. / Shin, H.C. / Im, H. / Bock, F.P. / Burmann, F. / Durand, A. / Basfeld, A. / Ham, S. / Basquin, J. / Oh, B.H. / Gruber, S.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein Smc,Chromosome partition protein Smc
B: Chromosome partition protein Smc,Chromosome partition protein Smc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,48525
ポリマ-38,4292
非ポリマー2,05623
1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.036, 83.865, 64.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chromosome partition protein Smc,Chromosome partition protein Smc


分子量: 19214.719 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 188-253,UNP residues 922-1011 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: smc, ylqA, BSU15940 / プラスミド: pET-22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51834

-
非ポリマー , 5種, 114分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 28% pEG 3350 50 mM Tris pH 8.0 8% MPD 180 mM ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→51.294 Å / Num. obs: 65454 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 16.95
反射 シェル解像度: 1.81→1.91 Å / 冗長度: 8.27 % / Rmerge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 5688 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.899→51.294 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 23.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 3223 4.98 %
Rwork0.1912 --
obs0.193 64662 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.9 Å2 / Biso mean: 68.8334 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.899→51.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2379 0 232 91 2702
Biso mean--114.85 55.77 -
残基数----298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6433376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.262966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8994-1.92770.36151270.34182615274297
1.9277-1.95780.32411670.319526542821100
1.9578-1.98990.31151580.296926542812100
1.9899-2.02420.28341250.283226862811100
2.0242-2.06110.27291520.268626562808100
2.0611-2.10070.28541460.252226482794100
2.1007-2.14360.28111670.237926492816100
2.1436-2.19020.25571510.230626732824100
2.1902-2.24110.24781340.204526952829100
2.2411-2.29720.25111070.195627102817100
2.2972-2.35930.21371220.189726842806100
2.3593-2.42870.23481540.181126462800100
2.4287-2.50710.20241420.188626722814100
2.5071-2.59670.24121610.187726732834100
2.5967-2.70070.24451010.198127112812100
2.7007-2.82360.21531230.213227032826100
2.8236-2.97240.22921810.220226282809100
2.9724-3.15860.25471620.199226452807100
3.1586-3.40250.25531440.192626812825100
3.4025-3.74480.18921050.174427122817100
3.7448-4.28640.20931190.154926872806100
4.2864-5.39950.19291230.163127082831100
5.3995-51.31220.22011520.18942649280199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.7048-4.2475-6.61655.57183.92144.8779-0.0659-1.48350.15960.29510.4973-0.4788-0.18780.6784-0.4850.56540.1499-0.0190.78860.00870.489136.06696.1168-28.025
23.8772-4.1864-5.03345.22484.78577.2794-0.2415-0.0172-0.3950.41750.4415-0.02790.61611.1247-0.05220.50580.1958-0.03540.625-0.07560.399215.779817.5569-9.796
32.5537-2.6085-2.96925.435-0.65948.50460.0222-0.18880.2306-0.2850.03520.2002-0.14790.35120.07770.35780.01350.02240.29460.01630.3829-8.682327.3418-3.9666
42.074-6.9586-7.41545.68075.48775.5557-0.3458-0.3464-0.0699-0.07220.02860.9178-0.5902-0.85460.34460.50820.0738-0.02360.5328-0.02060.6329-23.964240.0144-0.6442
54.2816-2.4552-2.57276.75063.92175.97940.2144-0.23050.5492-0.4088-0.00290.1251-0.98-0.014-0.26910.5385-0.056-0.02560.30530.00330.451-16.097642.3928-4.3704
69.4614-2.79594.18913.8049-4.14244.76580.30380.2947-1.5774-0.69850.46291.41461.7462-0.1842-0.68530.6326-0.1028-0.01140.36210.01860.5601-13.672622.8974-10.3235
79.2142-3.28480.07721.6147-0.44456.4323-0.0587-1.0054-0.18940.00680.32560.101-0.0066-0.1758-0.28350.5053-0.0010.00730.35640.01230.4266-0.980525.39292.9125
87.2188-6.7829-6.54938.88957.06966.10430.24290.3647-0.1091-0.0671-0.52450.24360.2419-0.19220.19230.48640.1109-0.0350.91780.00820.438722.304410.7957-19.4271
90.12940.5622-0.78812.4422-3.40124.70340.57390.0849-0.04230.1169-0.3218-2.31160.81461.45940.11150.65270.19740.25720.9617-0.24321.460725.16831.0183-29.1482
109.55910.3794-2.09352.64511.04893.0028-0.16150.6564-0.4141-0.24070.1704-0.20310.38840.00230.01980.4972-0.0440.02320.3569-0.06360.32251.183530.2063-26.8437
115.42411.3631-5.37814.4453-1.19125.5252-0.41851.092-0.6817-0.30010.34280.31110.2762-1.08820.23270.4727-0.1934-0.06810.6625-0.01740.4727-26.750429.0144-18.4548
123.63995.651-1.46878.7797-2.16316.41560.12310.68840.5403-0.59651.2351.29380.6051-2.1937-1.47610.77620.1929-0.12531.94870.16920.9236-41.462228.3894-11.659
139.8370.0776-3.69385.7445-1.92632.03-0.4402-0.71210.37210.72341.13451.08840.0559-1.4766-0.57040.51570.01390.1060.70870.13280.7472-35.780227.442-2.2764
147.2951.9274-5.67381.6377-1.7597.0292-0.16840.24880.0009-0.06880.15820.15980.0405-0.14670.02190.2974-0.0519-0.05590.32560.01020.3721-16.672636.1987-19.0379
158.74921.10560.18535.3530.22514.0919-0.16590.1106-1.06240.24880.1797-0.1450.61440.0702-0.02680.55740.04890.0690.3497-0.11880.34443.01526.9066-23.7126
166.00310.3123-0.82074.1413-4.47655.0256-0.15260.55520.1479-1.1407-0.6899-2.468-0.32991.58960.65210.9365-0.08940.28731.1965-0.20451.421224.80337.9621-35.4536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 184:198)A184 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 199:222)A199 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 223:235)A223 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 236:249)A236 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 250:951)A250 - 951
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 952:960)A952 - 960
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 961:981)A961 - 981
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 982:1011)A982 - 1011
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 202:208)B202 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 209:233)B209 - 233
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 234:248)B234 - 248
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 249:255)B249 - 255
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 256:925)B256 - 925
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 926:959)B926 - 959
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 960:992)B960 - 992
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 993:998)B993 - 998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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