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- PDB-5nmn: Atomic resolution structure of LL-37 in a monomeric state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nmn
タイトルAtomic resolution structure of LL-37 in a monomeric state
要素Cathelicidin antimicrobial peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide / cathelicidin / LL-37 / atomic resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / killing by host of symbiont cells / neutrophil activation / specific granule / cellular response to peptidoglycan / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / neutrophil activation / specific granule / cellular response to peptidoglycan / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathelicidin antimicrobial peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Zeth, K. / Sancho-Vaello, E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural remodeling and oligomerization of human cathelicidin on membranes suggest fibril-like structures as active species.
著者: Sancho-Vaello, E. / Francois, P. / Bonetti, E.J. / Lilie, H. / Finger, S. / Gil-Ortiz, F. / Gil-Carton, D. / Zeth, K.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathelicidin antimicrobial peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5272
ポリマ－4,5041
非ポリマー231
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area3750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.381, 17.832, 34.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cathelicidin antimicrobial peptide / 18 kDa cationic antimicrobial protein / hCAP-18


分子量: 4504.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350, 100 mM Tris, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→50 Å / Num. obs: 99140 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 4.75 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.18
反射 シェル解像度: 0.95→1.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 2853 / CC1/2: 0.917 / Rrim(I) all: 1.125 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95→29.136 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1538 1034 5 %
Rwork0.1557 --
obs0.1555 20693 92.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→29.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数295 0 1 15 311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.017147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.95-1.00010.3781200.37032297X-RAY DIFFRACTION77
1.0001-1.06280.20471450.20642731X-RAY DIFFRACTION90
1.0628-1.14480.1751450.13482789X-RAY DIFFRACTION93
1.1448-1.260.15131520.11562879X-RAY DIFFRACTION94
1.26-1.44230.13371530.11012908X-RAY DIFFRACTION96
1.4423-1.81720.13691560.13262958X-RAY DIFFRACTION97
1.8172-29.15010.15211630.16773097X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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