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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nm7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Burkholderia AP3 phage endolysin | |||||||||
![]() | Peptidoglycan-binding domain 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / peptidoglycan binding domain / lysozyme family | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylmuramidase / N-acetylmuramidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zrubek, K. / Wisniewska, M. / Rembacz, K. / Maciejewska, B. / Drulis-Kawa, Z. / Dubin, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Modular endolysin of Burkholderia AP3 phage has the largest lysozyme-like catalytic subunit discovered to date and no catalytic aspartate residue. 著者: Maciejewska, B. / Zrubek, K. / Espaillat, A. / Wisniewska, M. / Rembacz, K.P. / Cava, F. / Dubin, G. / Drulis-Kawa, Z. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 263 / Label seq-ID: 3 - 263
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28987.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GLY / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG pH 7.0, 25% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→26.72 Å / Num. obs: 61070 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / CC1/2: 0.791 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.162 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.72→26.72 Å
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拘束条件 |
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