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- PDB-5nly: Brag2 Sec7-PH (390-763), P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nly
タイトルBrag2 Sec7-PH (390-763), P212121
要素(IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1) x 2
キーワードHYDROLASE / small GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding ...dendritic spine development / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / centrosome / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin homology domain. ...IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nawrotek, A. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Multiple interactions between an Arf/GEF complex and charged lipids determine activation kinetics on the membrane.
著者: Karandur, D. / Nawrotek, A. / Kuriyan, J. / Cherfils, J.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5653
ポリマ－95,4702
非ポリマー951
水7,584421
1
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6971
ポリマ－47,6971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8682
ポリマ－47,7731
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.893, 66.039, 206.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine ...ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 2 / Brefeldin-resistant Arf-GEF 2 protein / BRAG2


分子量: 47697.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 512-885 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC1, ARFGEP100, BRAG2, KIAA0763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DN90
#2: タンパク質 IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine ...ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 2 / Brefeldin-resistant Arf-GEF 2 protein / BRAG2


分子量: 47773.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 512-885 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC1, ARFGEP100, BRAG2, KIAA0763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DN90
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG20000, O.1M Tris pH=8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872899 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.99 Å / Num. obs: 60129 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 29.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 22564 / CC1/2: 0.439 / Rpim(I) all: 0.86 / Rsym value: 1.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NLV

5nlv


解像度: 2→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2881 4.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 60012 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2501 Å20 Å20 Å2
2--4.8037 Å20 Å2
3----4.5536 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5737 0 95 421 6253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01211905HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2321577HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2662SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1688HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11905HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion733SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13510SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 187 4.35 %
Rwork0.227 4114 -
all0.228 4301 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10-0.3013-0.06070.24560.003900.0003-0.0077-0.0038-0.0048-0.0028-0.0105-0.0099-0.0180.00250.0097-0.0016-0.0005-0.01340.00360.005511.27160.5969-42.1732
20.4010.18630.57200.08740.33780.0005-0.01170.0055-0.01160.0041-0.00160.0106-0.0079-0.0046-0.0152-0.0009-0.00710.0054-0.0177-0.003932.549829.0611-10.0506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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