PDB-5nly: Brag2 Sec7-PH (390-763), P212121

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nly

タイトル

Brag2 Sec7-PH (390-763), P212121

要素

(IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1) x 2

キーワード

HYDROLASE / small GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of ARF protein signal transduction / dendritic spine development / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nawrotek, A. / Cherfils, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Multiple interactions between an Arf/GEF complex and charged lipids determine activation kinetics on the membrane.
著者: Karandur, D. / Nawrotek, A. / Kuriyan, J. / Cherfils, J.

履歴

登録	2017年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nly.cif.gz	573.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nly.ent.gz	475.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nly_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nly_full_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示
XML形式データ	5nly_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5nly_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/5nly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nlvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fne-1 3hly-d 1xa6-d 4w9k-1 6gfy-4 4w9j-1 1gzh-1 1omx-d 5nw0-3 4w9i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1

B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1

ヘテロ分子

95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
47.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.893, 66.039, 206.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine ...ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 2 / Brefeldin-resistant Arf-GEF 2 protein / BRAG2 分子量: 47697.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 512-885 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC1, ARFGEP100, BRAG2, KIAA0763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DN90
#2: タンパク質	IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine ...ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 2 / Brefeldin-resistant Arf-GEF 2 protein / BRAG2 分子量: 47773.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 512-885 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC1, ARFGEP100, BRAG2, KIAA0763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DN90
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG20000, O.1M Tris pH=8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872899 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.872899 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→28.99 Å / Num. obs: 60129 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.39 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.05 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 22564 / CC_1/2: 0.439 / R_pim(I) all: 0.86 / R_sym value: 1.26

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NLV

5nlv

解像度: 2→28.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / R_factor R_free error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU R_free Blow DPI: 0.152 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.15

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2881	4.8 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.209	60012	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2501 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.8037 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.5536 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→28.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5737	0	95	421	6253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.012	11905	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.23	21577	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2662	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		172	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1688	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11905	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.55
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		733	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13510	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	187	4.35 %
R_work	0.227	4114	-
all	0.228	4301	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.3013	-0.0607	0.2456	0.0039	0	0.0003	-0.0077	-0.0038	-0.0048	-0.0028	-0.0105	-0.0099	-0.018	0.0025	0.0097	-0.0016	-0.0005	-0.0134	0.0036	0.0055	11.2716	0.5969	-42.1732
2	0.401	0.1863	0.572	0	0.0874	0.3378	0.0005	-0.0117	0.0055	-0.0116	0.0041	-0.0016	0.0106	-0.0079	-0.0046	-0.0152	-0.0009	-0.0071	0.0054	-0.0177	-0.0039	32.5498	29.0611	-10.0506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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