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- PDB-5nlb: Crystal structure of human CUL3 N-terminal domain bound to KEAP1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nlb
タイトルCrystal structure of human CUL3 N-terminal domain bound to KEAP1 BTB and 3-box
要素
  • Cullin-3
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / liver morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / polar microtubule / COPII vesicle coating / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of epidermal cell differentiation / regulation protein catabolic process at postsynapse ...positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / liver morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / polar microtubule / COPII vesicle coating / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of epidermal cell differentiation / regulation protein catabolic process at postsynapse / RHOBTB3 ATPase cycle / cell projection organization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / embryonic cleavage / stem cell division / Notch binding / fibroblast apoptotic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of type I interferon production / mitotic metaphase chromosome alignment / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of Rho protein signal transduction / stress fiber assembly / positive regulation of cytokinesis / sperm flagellum / protein monoubiquitination / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / RHOBTB2 GTPase cycle / transcription regulator inhibitor activity / protein autoubiquitination / inclusion body / gastrulation / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to interleukin-4 / cyclin binding / positive regulation of protein ubiquitination / kidney development / integrin-mediated signaling pathway / actin filament / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Hedgehog 'on' state / protein destabilization / centriolar satellite / Wnt signaling pathway / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein polyubiquitination / Regulation of RAS by GAPs / spindle pole / disordered domain specific binding / mitotic spindle / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell migration / Neddylation / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / postsynapse / regulation of autophagy / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / Cullin protein neddylation domain / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch ...Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / Cullin protein neddylation domain / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Kelch repeat type 1 / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cullin-3 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Adamson, R. / Krojer, T. / Pinkas, D.M. / Bartual, S.G. / Burgess-Brown, N.A. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Newman, J.A. / Kopec, J. / Dixon-Clarke, S.E. ...Adamson, R. / Krojer, T. / Pinkas, D.M. / Bartual, S.G. / Burgess-Brown, N.A. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Newman, J.A. / Kopec, J. / Dixon-Clarke, S.E. / Mathea, S. / Sethi, R. / Velupillai, S. / Mackinnon, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: Free Radic Biol Med / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical characterization establishes a detailed understanding of KEAP1-CUL3 complex assembly.
著者: Adamson, R.J. / Payne, N.C. / Bartual, S.G. / Mazitschek, R. / Bullock, A.N.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8952
ポリマ－58,8952
非ポリマー00
水00
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Cullin-3

A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7914
ポリマ－117,7914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area6900 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area50470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.000, 233.380, 164.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 17147.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質 Cullin-3 / CUL-3


分子量: 41747.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL3, KIAA0617 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13618

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.2M potassium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→40.382 Å / Num. obs: 10899 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.42 % / Net I/σ(I): 12.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AP2

4ap2


解像度: 3.45→40.382 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 520 4.77 %
Rwork0.2382 --
obs0.2406 10899 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→40.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 0 0 3882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4385294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5892412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.7970.39431270.32452521X-RAY DIFFRACTION99
3.797-4.34580.35021230.27872555X-RAY DIFFRACTION100
4.3458-5.47310.27571360.27462574X-RAY DIFFRACTION100
5.4731-40.38430.25931340.1992729X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.2994 Å / Origin y: 30.7683 Å / Origin z: 166.8826 Å
111213212223313233
T0.9714 Å20.0341 Å20.1823 Å2-1.4063 Å2-0.2905 Å2--1.1361 Å2
L0.7208 °2-0.7499 °20.4155 °2-4.9521 °2-1.3646 °2--2.1668 °2
S-0.1615 Å °-0.0386 Å °0.0103 Å °0.451 Å °0.2486 Å °-0.3087 Å °-0.1782 Å °-0.2383 Å °-0.0816 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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