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万見
- PDB-5nl2: cryo-EM structure of the mTMEM16A ion channel at 6.6 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nl2
タイトルcryo-EM structure of the mTMEM16A ion channel at 6.6 A resolution.
要素Anoctamin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TMEM16 family / ion channel / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell projection elongation / trachea development / mucus secretion / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / voltage-gated chloride channel activity / Stimuli-sensing channels / chloride transport / chloride channel activity / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...glial cell projection elongation / trachea development / mucus secretion / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / voltage-gated chloride channel activity / Stimuli-sensing channels / chloride transport / chloride channel activity / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / chloride transmembrane transport / regulation of membrane potential / cell projection / establishment of localization in cell / presynaptic membrane / cellular response to heat / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin, dimerisation domain / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Paulino, C. / Neldner, Y. / Lam, K.M. / Kalienkova, V. / Brunner, J.D. / Schenck, S. / Dutzler, R.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
European Research Council339116 スイス
University of ZurichForschungskredit FK-16-036 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis for anion conduction in the calcium-activated chloride channel TMEM16A.
著者: Cristina Paulino / Yvonne Neldner / Andy Km Lam / Valeria Kalienkova / Janine Denise Brunner / Stephan Schenck / Raimund Dutzler /
要旨: The calcium-activated chloride channel TMEM16A is a member of a conserved protein family that comprises ion channels and lipid scramblases. Although the structure of the scramblase nhTMEM16 has ...The calcium-activated chloride channel TMEM16A is a member of a conserved protein family that comprises ion channels and lipid scramblases. Although the structure of the scramblase nhTMEM16 has defined the architecture of the family, it was unknown how a channel has adapted to cope with its distinct functional properties. Here we have addressed this question by the structure determination of mouse TMEM16A by cryo-electron microscopy and a complementary functional characterization. The protein shows a similar organization to nhTMEM16, except for changes at the site of catalysis. There, the conformation of transmembrane helices constituting a membrane-spanning furrow that provides a path for lipids in scramblases has changed to form an enclosed aqueous pore that is largely shielded from the membrane. Our study thus reveals the structural basis of anion conduction in a TMEM16 channel and it defines the foundation for the diverse functional behavior in the TMEM16 family.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_imaging_optics / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3658
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anoctamin-1
B: Anoctamin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,1182
ポリマ－222,1182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Anoctamin-1 / Transmembrane protein 16A


分子量: 111058.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ano1, Tmem16a
細胞株 (発現宿主): HEK293 stable mTMEM16A cell line (Flp-In System)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BHY3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mTMEM16A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.110916 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 / 細胞: stabel mTMEM16A cell line (Flp-In System)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Hepes 150 mM NaCl 0.5 mM CaCl2 <0.12% digitonin
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Hepes
試料濃度: 3.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: full-length (wild-type isoform ac) deglycosylated mTMEM16A
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: 2.5 ul sample volume 1-5 sec blotting time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37037 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 5503
詳細: Data were collected in an automated fashion on a K2 Summit detector (Gatan) set to super-resolution mode with a pixel size of 0.675 A and a defocus range of -0.5 to -3.8 um using SerialEM. ...詳細: Data were collected in an automated fashion on a K2 Summit detector (Gatan) set to super-resolution mode with a pixel size of 0.675 A and a defocus range of -0.5 to -3.8 um using SerialEM. Images were recorded for 15 sec with an initial sub-frame exposure time of 300 ms (50 frames total) with a dose of 1.5 e-/A^2/frame, and later with a sub-frame exposure time of 150 ms (100 frames total) with a dose of 0.8 e-/A^2/frame, resulting in a total accumulated dose on the specimen level of approximately 80 e-/A^2.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: -10 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
画像処理詳細: Fourier cropping (final pixel size 1.35 A), motion correction and dose-weighting of frames were performed by MotionCor2
CTF補正詳細: The contrast transfer function (CTF) parameters were estimated on the movie frames by ctffind4.1
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 755348
詳細: Images showing a strong drift, higher defocus than -3.8 um or a bad CTF estimation were discarded, resulting in 4,178 images used for further analysis. Image processing was performed using ...詳細: Images showing a strong drift, higher defocus than -3.8 um or a bad CTF estimation were discarded, resulting in 4,178 images used for further analysis. Image processing was performed using the software package RELION1.4 and at a later stage RELION2.0. Approximately 4,000 particles were manually picked to generate templates for automated particle selection. Following automated picking in RELION, false positives were eliminated manually or through a first round of 2D classification resulting in 755,348 particles.
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213243 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 4WIT

4wit


Accession code: 4WIT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044282
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6325930
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2692518
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042840
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005838

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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