PDB-5njy: X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5njy

タイトル

X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Hu, H. / Fourati, Z. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the H235Q mutant of GLIC
著者: Fourati, Z. / Delarue, M.

履歴

登録	2017年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5njy.cif.gz	644.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5njy.ent.gz	550.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5njy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5njy_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5njy_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	5njy_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	5njy_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hy9-d 6f11-d 5l47-d 3uu4-d 3uu3-d 3tlv-d 5muo-d 6hyr-d 5nkj-d 3lsv-d 6f16-d 3tlu-d 2xqa-d 4zzc-d 3ei0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

187 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.925, 134.239, 160.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 37408.879 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 400 mM NaSCN 100 mM Na Acetate pH 4 12-15% PEG4000 2% DMSO 16% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 77705 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 62.74 Å² / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9325 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9179 / SU R Cruickshank DPI: 0.453 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.407 / SU R_free Blow DPI: 0.276 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.291

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2429	3890	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2244	-	-	-
obs	0.2253	77706	97.63 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 149.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9354 Å²	0 Å²	14.0656 Å²
2-	-	-9.6001 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.5355 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.812 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12590	0	0	13	12603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	12920	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	17665	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4290	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		265	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1860	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12920	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.96
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1760	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14674	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	280	4.87 %
R_work	0.2552	5474	-
all	0.2558	5754	-
obs	-	-	98.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3988	-0.6834	5.2137	3.4292	-1.2384	9.587	0.0337	0.1785	0.2223	-0.2642	0.0333	0.2402	-0.234	-0.1272	-0.067	-0.1526	0.0888	-0.2677	-0.2121	0.0528	-0.4433	5.2671	-8.0838	186.9515
2	4.7693	0.5011	4.9241	3.1346	0.5881	6.5925	0.142	-0.0955	-0.1943	-0.2273	0.0369	0.418	0.1307	-0.6062	-0.1789	-0.2727	0.0324	-0.325	0.0963	0.0372	-0.3147	-5.8306	-29.9598	192.5214
3	3.593	0.9474	5.0476	4.0589	1.9164	9.5022	0.1593	-0.0005	-0.5048	-0.3204	0.0303	0.1567	0.187	-0.1225	-0.1897	-0.3719	0.1236	-0.3777	-0.176	-0.1774	-0.1852	8.924	-48.787	185.1542
4	1.9727	-0.185	3.9825	2.9205	0.445	12.5046	0.1149	0.3169	-0.3054	-0.4891	-0.1391	-0.256	-0.0724	0.283	0.0242	-0.331	0.1563	-0.3098	0.2108	-0.2769	-0.4391	29.471	-38.8197	174.564
5	2.0285	-0.4728	4.2118	3.3479	-1.7995	11.4307	-0.1245	0.4	0.1084	-0.5729	0.1075	-0.151	-0.2251	0.5339	0.017	-0.1047	-0.1171	-0.232	0.2361	0.0443	-0.5503	27.1795	-13.6383	175.6698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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