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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5njk | ||||||
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タイトル | PTB domain of human Numb isoform-1 | ||||||
要素 |
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キーワード | ENDOCYTOSIS / PTB domain / Numb / breast cancer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuroblast division in subventricular zone / lateral ventricle development / alpha-catenin binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / adherens junction organization / clathrin-coated vesicle / positive regulation of neurogenesis / Recycling pathway of L1 / negative regulation of protein localization to plasma membrane / clathrin-coated pit ...neuroblast division in subventricular zone / lateral ventricle development / alpha-catenin binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / adherens junction organization / clathrin-coated vesicle / positive regulation of neurogenesis / Recycling pathway of L1 / negative regulation of protein localization to plasma membrane / clathrin-coated pit / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / axonogenesis / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / beta-catenin binding / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / early endosome / endosome membrane / positive regulation of cell migration / cadherin binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Mapelli, M. / Di Fiore, P.P. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 2018 タイトル: A Numb-Mdm2 fuzzy complex reveals an isoform-specific involvement of Numb in breast cancer. 著者: Colaluca, I.N. / Basile, A. / Freiburger, L. / D'Uva, V. / Disalvatore, D. / Vecchi, M. / Confalonieri, S. / Tosoni, D. / Cecatiello, V. / Malabarba, M.G. / Yang, C.J. / Kainosho, M. / ...著者: Colaluca, I.N. / Basile, A. / Freiburger, L. / D'Uva, V. / Disalvatore, D. / Vecchi, M. / Confalonieri, S. / Tosoni, D. / Cecatiello, V. / Malabarba, M.G. / Yang, C.J. / Kainosho, M. / Sattler, M. / Mapelli, M. / Pece, S. / Di Fiore, P.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5njk.cif.gz | 349.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5njk.ent.gz | 290.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5njk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5njk_validation.pdf.gz | 522.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5njk_full_validation.pdf.gz | 535.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5njk_validation.xml.gz | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5njk_validation.cif.gz | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17927.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PTB domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUMB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 / 参照: UniProt: P49757 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 875.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25 % PEG 3350, 0.2 M Lithium Sulfate, and 0.1 M Bis-Tris pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.13→40 Å / Num. obs: 26321 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.13→3.24 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.993 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FOW 解像度: 3.13→38.668 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.13
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.13→38.668 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 6.5275 Å / Origin y: 31.2933 Å / Origin z: -37.7806 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |